高精密编程图解（做个热图何必学编程）

作者：曾阿牛

提到热图，大家可以第一个想到的R语言，有的小伙伴就说了我一看到代码就头大，有没有别的办法？上次跟大家分享了Graphpad prism绘制柱状图与散点图共存图，其实Graphpad Prism的功能远不止这些，它驾驭起热图也是妥妥的。

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使用Graphpad Prism绘制热图

使用Graphpad Prism 7.0（win7，64位系统）给大家分享如何绘制热图。原始数据（不同基因在不同器官中的表达情况）如下：

步骤

1、打开GraphPad Prism 7.0软件，New table ＆graph，选择Grouped

选择Enter and plot a signle Y value for each point,Create

2、输入数据：

在Data Table中输入数据，GoupA——F是不同基因在不同组织（Heart、Lung、liver、Brain……）中的表达情况：

3、进入Graphs下可以看见步骤2输入的数据Data1的图形，将进入Change Graph Type界面，Graph family为Grouped不需改动，选择Heat Map，在下面有四种热图的配色可以进行选择和预览，在此以选定第一个为例，点击OK

4、可以看见绘制热图的基本效果如下如图：

此时横坐标显示为ABCDEF,纵坐标显示123456，点击横坐标，进入Format Graph，Titles＆Labels界面：

将Row Lables和Column Lables分别选择为对应的Row titles和Column titles，点击OK。

得到以下图片：

我们可以发现Gene1-6相邻且太过紧密，我们可以进行如下调节，重新点击点击横坐标，进入Format Graph，Titles＆Labels界面，将Column Labels中的Column titles的角度由水平改为Angled（45 degrees），点击OK。

最终效果如下，导出图片即可。

问题环节

问题1：如何更改热图颜色配置？

双击热图进入进入Format Graph界面，可以看见此时的颜色配置为Colormap

Colormap下除了Rainbow还有以下几种配色方式可以进行选择。

Single gradient，从A颜色到B颜色，一般为从最小值到最大值。

Double gradient，从A颜色到B颜色再到C颜色。

Grayscale显示为灰度效果。

Categorical不同范围的值显示为不同颜色：

问题2：如何显示下图的边界：

双击热图，进入Format Graph界面，将Cell borders勾上，颜色可以自行选择，线宽为1/2pt，点击OK即可。

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Excel制作热图

除了Graphpad Prism，其实Excel也可以对付 heatmap，使用Excel 2010或以上版本，上菜！

步骤

原始数据如下：

1、在Excel中选中要做热图的全部数据 (只选择数值部分)，然后在开始菜单中，执行以下操作：“条件格式”--“色阶”--“其他规则”

2、选中“其他规则”后，弹出如下的窗口。默认为“双色刻度”，可改为“三色刻度”

3、选中三色刻度后，设置最小值、中间值、最大值的类型和颜色

注意：此处颜色选择也可以在第一步色阶里直接选择自己喜欢的。另外，建议将类型都改为“数字”，好处是可以自定义最小值、中间值、最大值的数值大小。当然你的数据应在你设置的最小值，最高值范围内。例如此处数据范围84-116，故可设置最小值为80，最大值120，中间值可设为两者的中位数100。

此外，将预览后面的色条截取到Excel表格中。

截取效果如下：

4、上图中。若觉得色条长度过长，可以在选中色条进行调整，选中后会出现小方块，则可以调节色条的宽度、长度。

5、此外，为了美观，可以将Excel中的边框去除。

选中目标—鼠标右键—选中“设置单元格格式”—弹出对话框—选中

“填充”—选中背景颜色为无色即可。例如上面例子:

同理，将行的表格边框去除，最终，得到如上效果。

6、可见，若觉得上面的数字放在上面不美观，可以进行如下操作去除数字。

选中数字目标区域—鼠标右键—设置单元格格式—选中“数字”—选中分类中的“自定义”—在类型输入两个分号（；；）--点击确定

图解继续用上面例子说明如下：

7、最后，可得到如下效果图，到此热图的制作就完成了。（另外，可根据具体情况调节行高、列高）

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