植物科学前沿审稿意见怎么看（干货最新植物研究数据库及生信工具大全）

基

因

组

ATHENA（拟南芥蛋白，转录本表达图

谱）

athena.Proteomics.wzw.tum.de

Metascape（基因或蛋白质列表进行注释和富集等分析的在线工具）

http://metascape.org

Bioinformatics (作物基因组、遗传和育种研究的分析计算工具和数据)

http://www.bioinfo.wsu.edu/

Phytozome (植物比较基因组学资源)

https://phytozome-next.jgi.doe.gov/

Planteome (集成植物基因组学、表型和遗传学数据的共享型平台，可以搜索植物的器官结构、不同发育时期的信息)

http://www.plantontology.org

Gramene (用于作物和模式物种的比较功能基因组学分析的综合平台)

http://www.gramene.org/

PlantGDB (植物基因组序列数据库)

http://www.plantgdb.org/

PGSB (植物基因组数据库)

http://pgsb.helmholtz-muenchen.de/plant/plantsdb.jsp

AthaMap (拟南芥的全基因组范围的假定的转录因子结合位点数据库)

http://www.athamap.de/

RiceGE (水稻功能基因组表达数据库)

http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE

NBRP-Rice (水稻遗传学和基因组学数据库)

https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/

IWGSC (小麦基因组信息数据库)

http://www.wheatgenome.org/

de.NBI (大麦基因组资源平台)

https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=284:10::::::

JCVI （玉米基因组数据库)

http://maize.jcvi.org/

MaizeGDB (玉米基因组和遗传分析平台)

https://www.maizegdb.org/

Panzea (玉米及其野生近缘种的基因组工程资源库）

https://www.panzea.org/

SoyBase （大豆基因组学和分子生物学数据库）

https://soybase.org/

CottonGen （棉花基因组学，遗传学和育种数据库）

https://www.cottongen.org/

Tomato Functional Genonmics （番茄功能基因组数据库）

http://ted.bti.cornell.edu/

TomatoNet （番茄的复杂性状挖掘的全基因组协同网络平台）

https://www.inetbio.org/tomatonet/

SGN (茄科物种基因组测序数据库)

https://solgenomics.net/

TropgeneDB (管理热带作物的遗传和基因组信息的数据库)

http://tropgenedb.cirad.fr/

Medicinal Plant (药用植物基因组和代谢组资源库）

http://medicinalplantgenomics.msu.edu/participants.shtml

SIFGD （谷子功能基因组学数据库）

http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/

WheatNet （面包小麦的全基因组规模功能基因网络数据库）

https://www.inetbio.org/wheatnet/

EasyGo （提供一系列待查基因的功能注释以及微阵列探针信息）

http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/

NGS & sRNA Tools {二代测序（NGS）数据库，包括植物的RNA和基因组信息资源}

https://mpss.danforthcenter.org/index.php

蛋

白

类

ProteomicsDB （拟南芥蛋白组学信息）

www.proteomicsdb.org

SMART （蛋白质结构域鉴定、注释的在线分析工具）

http://smart.embl-heidelberg.de/

MPIC （植物线粒体蛋白运输元件数据库）

https://webapps.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpic/

FAT-PTM （用于分析蛋白质和代谢途径的翻译后修饰数据库)

https://bioinformatics.cse.unr.edu/fat-ptm

Plprot (拟南芥质体蛋白数据库 )

http://www.plprot.ethz.ch/

Wheat Proteome (小麦蛋白质组数据库)

https://wheatproteome.org/

UniProt (蛋白质序列和功能信息资源数据库和分析平台)

https://www.uniprot.org/

MapMan (适用于多组学数据分析的蛋白质分类和注释框架)

https://mapman.gabipd.org/mapman-download/

PPDB (拟南芥和玉米蛋白质组数据库)

http://ppdb.tc.cornell.edu/default.aspx

R

N

A

类

miRBase (生物microRNA数据库)

http://www.mirbase.org/

PMRD (植物microRNA数据库)

http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/

CSRDB (谷物特别是水稻和玉米的小RNA数据库)

http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/

PlantcircBase (植物Circular RNAs数据库)

http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/

PNRD (植物非编码RNA数据)

http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD

PLncDB (植物长链非编码RNA数据库)

http://amp.pharm.mssm.edu/datasets2tools/landing/tool/PLncDB

Arabidopsis Root Cell Atlas (拟南芥根部单细胞RNA测序数据库)

http://wanglab.sippe.ac.cn/rootatlas/

pssRNAit (通过全基因组脱靶基因评估设计有效和特异性的植物RNAi siRNA) http://plantgrn.noble.org/pssRNAit/

突

变

体

库

T-DNA Express （拟南芥基因定位工具）

http://signal.salk.edu/cgi-bin/tdnaexpress

T-DNA Primer Design （拟南芥T-DNA突变体引物设计）

http://signal.salk.edu/tdnaprimers.2.html#opennewwindow

SIGnAL （拟南芥突变体库）

http://signal.salk.edu/

GABI-Kat {拟南芥的基于侧翼序列标签（FST）的T-DNA插入突变体查找库}

https://www.gabi-kat.de/

RARGE （拟南芥cDNA、突变体和微阵列数据库）

http://rarge.gsc.riken.jp/

URGI （水稻T-DNA插入突变数据库）

http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/

Rice Tos17 Insertion Mutant （水稻逆转座子Tos17插入突变数据库）

https://tos.nias.affrc.go.jp/

RMD （水稻突变体数据库）

http://rmd.ncpgr.cn/

Arashare （国内突变体购买突变体库)

http://www.arashare.cn/index/

蛋

白

互

作

BioGRID （蛋白质-蛋白质互作）

www.thebiogrid.org

IntAct （蛋白质-蛋白质互作）

www.ebi.ac.uk/intact

Reactome （蛋白质-蛋白质互作）

www.reactome.org

SGD （蛋白质-蛋白质互作）

www.yeastgenome.org

STRING （蛋白质-蛋白质互作）

www.string-db.org

启

动

子

PlantCARE （植物顺式调控元件、增强子和抑制子数据库）

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

PPDB （植物启动子数据库）

http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi

PlantPAN （ChIP-seq研究利器，一个全新的启动子分析网站）

http://PlantPAN.itps.ncku.edu.tw/

Promoter 2.0 Prediction Server （启动子预测网站）

http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

cNLS Mapper （核定位信号）

http://nls-mapper.iab.keio.ac.jp/cgi-bin/NLS_Mapper_form.cgi

基

因

编

辑

CRISPR-GE （基因编辑工具包）

http://skl.scau.edu.cn/

Plant Genome Editing （植物基因编辑数据库，收集CRISPR / Cas9技术产生植物的信息）

http://plantcrispr.org/cgi-bin/crispr/index.cgi

CRISPR-P （用于植物基因组编辑的改进的CRISPR / Cas9工具包）

http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/

FED （基因组编辑外源成分检测平台）

http://www.hi-tom.net/FED

转

录

组

TraVA （基于RNA-seq分析的拟南芥基因表达谱数据库）

http://travadb.org/

ATRM （拟南芥转录调控图谱数据库）

http://atrm.cbi.pku.edu.cn/

GENEVESTIGATOR （转录组数据挖掘比对云平台）

https://genevestigator.com/

定

位

共

表

达

SUBA (拟南芥蛋白的亚细胞定位数据库)

http://suba.live/

TargetP (亚细胞定位/N端功能肽预测)

http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/

ACT (拟南芥共表达分析工具)

https://www.michalopoulos.net/act/

RiceFREND (水稻基因共表达数据库)

https://ricefrend.dna.affrc.go.jp/

水

稻

数

据

库

Rapdbjp （粳稻日本晴基因组注释计划）

http://rapdb.dna.affrc.go.jp/

Rice Genome Annotation （粳稻日本晴基因组注释计划）

http://rice.plantbiology.msu.edu/

REDB （水稻EST数据库）

http://redb.ncpgr.cn/

RICD （籼稻cDNA数据库）

http://server.ncgr.ac.cn/ricd/

OryGenesDB （用于水稻反向遗传学研究的交互式工具）

http://orygenesdb.cirad.fr/

发

育

相

关

SeedGenes Project （拟南芥发育关键基因数据库)

http://seedgenes.org/

PRGdb (植物抗病R基因数据库)

http://prgdb.org/prgdb/

MetacCrop (作物代谢途径数据库)

http://metacrop.ipk-gatersleben.de

The Plant Organelles Database (植物器官研究数据库)

http://podb.nibb.ac.jp/Organellome

DRASTIC (植物细胞的信号转导分析数据库）

http://www.drastic.org.uk

PathoPlant （植物-病原体相互作用的信号转导相关物质成分数据库）

http://www.pathoplant.de

MetaCrop （农作物当中的生化途径及酶)

http://metacrop.ipk-gatersleben.de

序

列

分

子

HarvEST （作物EST序列及相关分子信息数据平台）

http://harvest.ucr.edu/

agriGO （GO分析工具包和数据库综合平台）

http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php#

AraQTL { 基于Web的用于表达定量性状位点（eQTL）研究的工作台和数据库 }

http://www.bioinformatics.nl/AraQTL

PlantTFDB （植物转录因子数据库）

http://planttfdb.gao-lab.org/

EST （作物EST数据库）

https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=116:1

PLACE （植物顺式调控DNA元件数据库）

https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace

PAMDB （植物相关微生物的多基因座序列分型和分析数据库及网站）

http://genome.ppws.vt.edu/cgi-bin/MLST/home.pl

综

合

类

ExPASy （生物信息学研究数据库）

https://www.expasy.org/

AgBioData （农业生物数据库和相关资源综合平台）

https://www.agbiodata.org/

URGI （针对有农学意义的植物研究生物信息平台）

http://urgi.versailles.inra.fr/

ATTED-II （基于互秩指数统计特性的植物共表达数据库）

http://atted.jp/

TRY （植物性状全球数据库)

https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php

ILDIS (国际豆科植物数据库和信息服务)

http://www.ildis.org/LegumeWeb/

GabiPD (马铃薯生物信息数据库)

http://gabipd.org/projects/Pomamo/

VitisGDB (葡萄育种和遗传信息综合数据库)

http://vitisgdb.ynau.edu.cn/

GenAlEx (群体遗传分析软件）

http://biology-assets.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.html

BAR （植物生物学分析工具平台）

http://www.bar.utoronto.ca/welcome.htm

Gcorn plant (基因同源与进化)

http://www.plant.osakafu-u.ac.jp/~kagiana/gcorn/p/

DSDecode (基于Web的用于对目标突变基因型的序列色谱图进行解码的工具)

http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/

STAG-CNS (一种可用于任意数量物种的顺序保守非编码序列发现工具 )

https://github.com/srbehera11/stag-cns

GeneCloud (使用语义技术来扫描特定基因列表的基因描述)

https://m2sb.org/

基

因

网

络

Cytoscape （生物网络的可视化工具）

www.cytoscape.org

NAViGaTOR （ 生物网络的可视化工具）

http://ophid.utoronto.ca/ophidv2.204/

Pathview { 支持多组学数据映射（基因/蛋白-代谢）}

https://pathview.uncc.edu/

AraNet （拟南芥和一些非模式植物的功能基因网络改进数据库）

https://www.inetbio.org/aranet/

SCI

辅

写

工

具

AI写作助手 （SCI写作辅助工具）

http://www.home-for-researchers.com

StyleWriter （SCI写作辅助工具，软件，需安装）

http://www.editorsoftware.com/StyleWriter.html

WhiteSmoke （SCI写作辅助工具）

http://www.whitesmoke.com

1Checker (易改) （SCI写作辅助工具）

http://www.1checker.com

ProWritingAid （SCI写作辅助工具）

https://prowritingaid.com/

WordHippo （SCI写作辅助工具）

http://www.wordhippo.com/

选

刊

神

器

Jane （预测文章投稿网站）

http://jane.biosemantics.org/index.php

Journal Finder （选刊神器）

https://journalfinder.elsevier.com/

Journal Suggester （选刊神器）

https://journalsuggester.springer.com

journalGuide （选刊神器）

https://www.journalguide.com/

科服后续还将根据铁粉需求建议，陆续推出“动物研究数据库大全”、“微生物研究数据库大全”等生命科学研究必备网站集锦。所以还等什么，快来关注“西大科服”微信公众号，赶紧收藏防走丢，成为西大科服铁粉，或许下一篇推文就是您的提议！

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数据库整理分析及校验 | 张莹莹

编辑｜俞晓峰 韦佳欣

排版｜凌敏

审核 | 陈新龙 委刚

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