imagej教程（只有会了这些才能成为老司机）

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ImageJ学习必备教程，底部还有系列文章哦~

ImageJ（官网：https://imagej.nih.gov/ij/）是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由National Institutes of Health（NIH）开发的一款功能强大的免费软件，在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用。

下图是ImageJ官网的界面，在Download下根据自己系统选择对应的软件下载，ImageJ可以适用于Mac OS X，Linux以及Windows系统（不受电脑系统限制）。ImageJ功能强大，今天给大家分享一些科研中的实用小技巧。

1

拉直Western Blot偏斜条带

Western Blot（WB）是目前全球生命科学实验室中使用最广泛的蛋白质分析技术之一。WB条带常见问题之一是带型异常：

当出现弯曲的条带时应如何使用ImageJ进行调整呢？

下图是一个典型的带型偏斜的条带：

步骤：

1. ImageJ软件打开上述图片，选择下图红框所示Segmented line沿着倾斜条带画间断线段：

2. 鼠标双击Segmented line，设置线段的宽度至包含所有条带：

3. 点击菜单栏Edit，Selection，Straighten，倾斜的WB条带即可拉直：

该功能的其他示例，如将弯曲的尼罗河拉直：

2

荧光图片使用技巧

如何拆分与Merge多通道荧光图片：

File->Open->分别打开Red，Green， Blue三个通道的图片：

Image -> Color -> Merge Channels可以Merge荧光图片。

图片与像素值互换：

图片由许多像素点（Pixel）组成，每个像素点对应有不同的像素值（Pixel values），如下图所示：

方法为：

ImageJ打开图片：

Image菜单下，Transform，Image toresults，得到了对应每个像素点的像素值：

同样在Image菜单下，Transform，Results toimage可以把像素值的表格转换为图片。

荧光核浆比分析：

步骤：

ImageJ打开分析图片：

Image -> Color -> Split Channels拆分RGB通道

得到RGB三通道（此时R、G、B通道均为8-bit图片）：

也可以使用Image-> Color -> Merge Channels将已拆分通道合并：

图中两个细胞有连接，以左边入核明显细胞为例。首先使用

不规则选框将左边细胞框选中：

Analyze->Tools->ROI manager（感兴趣区管理器），点击Add：

选择需要测量的参数：在ImageJ软件Analyze下选择Set Measurements设置测量参数，选择Integrated density，Area，Limit to threshold（Image -> Adjust -> Threshold 调节阈值，红色代表选中，选择Limitto threshold只计算红色选择的面积），点击OK。

Image -> Adjust -> Threshold 调节阈值，选择所有阳性信号（红色代表选中）：

Analyze，Measure，得到结果：

黄色ROI中的红色的灰度值总和为177096，黄色中的红色占黄色面积的51%。

如果不加黄色ROI，进行同等条件的测量：

得到的结果不仅仅只有左边这个细胞，其灰度值总和为254633，大于177096，红色占整张图片的面积百分比为14.9%，远远小于51%。

此时我们已经得到单个细胞总的荧光强度（灰度值）A=177096。接下来需要计算核内的荧光强度B，用总的荧光强度A-B得到胞浆荧光强度C。

对细胞核图片同样进行Image -> Adjust-> Threshold 调节阈值，选择所有阳性信号：

Analyze-> Analyze particles分析粒子得到的结果添加到ROI：

ROI-3是我们需要分析的细胞核，在上述已经阈值选定的绿色荧光通道中点击ROI-3可在图中显示细胞核轮廓，Analyze，Measure（快捷键Ctrl M），得到核内的荧光强度B：

核浆比=B/(A-B)=98684/(177096-98684)=1.26。

荧光图片加伪彩：

加伪彩是对灰度图片而言。Lookup tables（LUT）根据像素点不同的像素值显示为不同的颜色，即为伪彩，如下图所示：

打开灰度图片或者将RGB通道图片拆分为对应通道的灰度图片，在Image菜单下选择Lookup tables（Fire）：

有多种LUT可供选择，在Image，Color下点击ShowLUT：

在Analyze下点击Tools，选择Calibration Bar，即可给伪彩图片添加Bar（显示不同颜色所对应的灰度值）：

调整荧光显示效果：

打开两通道层扫共聚焦荧光图片如下：

目前看起来效果并不好如何进行调整？

步骤：

1. Image -> Color -> Split Channels拆分RGB通道：

2. Process，Enhance Contrat，选择Normalize与Process all 9 slices：

得到如下效果：

3. Image，Stacks，Z projection，选择Max Intensity：

得到可以显示不同层面的最大强大的荧光图片，效果如下：

4. Merge荧光图片

Image，Stacks，3D projection：

得到沿着Y轴旋转的动图：

Save as，Gif，保存为动图展示：

今天给大家分享ImaegJ实用技巧就先到此为止了希望对大家有所帮助！

—END—

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