生物信息学的主要研究内容（生物信息就该这么学）

我们将推出一个新的专栏：生物信息就该这么学，涵盖生物信息学习的点点滴滴，欢迎关注，接下来我们就来聊聊关于生物信息学的主要研究内容?以下内容大家不妨参考一二希望能帮到您!

生物信息学的主要研究内容

我们将推出一个新的专栏：生物信息就该这么学，涵盖生物信息学习的点点滴滴，欢迎关注。

生信平台搭建（一）：购买云服务器

前面预告了我们的硬核技能，服务器的搭建。从这次开始我们就一步步开始学习了。掌握生物信息平台搭建这项技能并不会直接让你发文章，但是好处还是有的。至于到底有什么好处，我没法直接告诉你，很多东西是不可名状的。当你把整个过程跟下来以后，你自然会懂的，至于觉得这些东西没用的人，路过即可。正所谓：“夏虫不可语于冰,笃于时也;井蛙不可语于海,拘于虚也;曲士不可语于道,束于教也”。

生信平台搭建（二）：远程登录和设置

获取了云服务器的IP地址，账户，密码之后就可以开始进行远程登录了。其实现在云服务器网页版控制台可以登录，但是这里推荐使用本地端工具进行远程登录，有时候告诉你太多东西，反而让你更加困惑。

生信平台搭建（三）：配置软件源和使用yum

登录服务器之后就可以进行配置了，首先，第一项工具就是修改软件源。之前centos是采用国外官方源，现在程序已经可以很智能的选择附近的源，这样下载速度会快很多。另外就是添加一下epel源，epel是fedora使用的软件源，为什么要添加这个呢，一些最新的测试内容都会放在这个源里面，例如R软件，因此，这一步是非常必要的。

生信平台搭建（四）：利用yum进行基础环境配置

配置完epel源，其实就可以开始进行配置了。由于生物软件开发环境千差万别，因此需要多种依赖，例如gcc，java，zlib，glibc，compat等等，这些我们可以提前配置好。否则在编译软件的时候，经常就会报错，提起XXX can not find，libXXX缺少等。这些都可以利用yum解决。yum最大的好处就是解决了依赖问题。yum会将软件安装到固定位置，因此，只能使用管理员账户进行操作。

生信平台搭建（五）：安装perl模块

perl模块也是生物信息分析中经常需要配置的东西，尽管很多人觉得python很流行，但是依然有大量的生物软件依赖于perl模块，如果配置不正确就无法运行，典型的就是circos，里面调用大量perl的模块，缺少任何一个都无法运行。因此配置perl模块是很重要的一项工作。

生信平台搭建（六）：python模块安装

与perl模块类似，现在有越来越多的生物软件采用python语言开发，因此，生物信息分析中也经常需要配置python模块。总得来说，python的模块安装更加容易一些，有很多非常好用的python模块管理工具，例如pip，easy_install，conda等。但是因为python2与python3不兼容，这就给python的模块管理以及很多生物软件的安装带来了极大的困扰，很多时候是因为python版本不匹配，造成模块安装失败。

生信平台搭建（七）：R语言与Rstudio安装

随着生物数据越来越多，生物统计学的作用越来越明显了。因此，R语言在生物数据分析和挖掘中扮演着越来越重要的作用，越来越多的分析都可以直接使用R软件来完成。虽然R语言可以在windows和MacOS等图形化界面下使用，也很方便，但是使用Linux版本的R，可以充分利用服务器大的资源，并且命令行版本更适合批量化和自动化。

生信平台搭建（八）：R包的安装

安装完R和Rstudio之后，接下来很重要的工作就是安装R包以及bioconductor的包，由于Rstudio不能采用root账户登录，因此，需要在Linux的R中进行安装，这样R包会安装在根目录下，这样所有服务器里的用户都可以访问，也就是只需要安装一次，所有用户，均可使用。

生信平台搭建（九）：目录设置

到这里，我们已经利用yum完成了基础配置，利用cpanm安装了perl模块，利用pip安装了python模块，并且安装了很多R的扩展包，可以说，已经完成了生物信息分析平台基础设施的建设，地基已经搭建完了，接下来就开始搭建框架了，也就是工作目录的设置。

生信平台搭建（十）：生物软件安装

工作目录设置明白之后我们就可以开始安装软件了，并且我们前面已经对系统进行了很多基础配置，例如gcc，java，cmake，zlib，glibc等这些都安装完成，其实现在大量软件都可以直接使用root账户进行编译了。虽然现在有bioconda可以非常方便的安装6000多个软件。但由于bioconda会将软件安装目录搞的很乱，因此，多数情况下我还是喜欢安装。

生信平台搭建（十一）：用户管理

服务器与普通PC一个最大的特点就是，PC是个人电脑，而服务器对外服务，因此，服务器支持多账户多任务。也就是同一时间可以多个账户同时登陆，同时使用系统。这就需要严格的用户管理机制。

生信平台搭建（十二）：bashrc详解

上次内容我们创建了一些普通账户，接下来的一些操作使用普通账户来进行，root账户比较微信，如果不小心“rm -rf /"那么将损失惨重，这次我们使用普通该账户登录，登录之后，进行个性化的设置。

生信平台搭建（十三）：bioconda

bioconda是一个管理生物信息软件的一个工具软件，我经常和别人讲其类似于苹果的App store，可以在里面进行搜索，下载，安装，升级，删除等等操作，目前已经是最好的生物软件管理工具了，尽管前面我提到因为bioconda的目录很乱，我不喜欢用，但还是非常推荐给大家。bioconda最大的一个好处是普通账户也可以安装很多工具，比如之前如果缺少个库，管理员一条命令就完成了，但是普通用户自己编译比登天还难，还得修改bashrc。

生信平台搭建（十四）：bioconda虚拟环境

有了无所不能的bioconda之后相当于打开了一个新世界，你可以用conda快速安装上千款生物软件，不过bioconda也有一些缺点，除了安装目录比较混乱之外，由于需要不同的python版本，会导致一些软件相互干扰，无法运行。因此，bioconda提供一种“虚拟环境”的解决方案。虚拟环境提供了一种隔离机制，比虚拟机和docker都更加方便。这样有一个好处是，非常方便复述文献的结果。

生信平台搭建（十五）：Aspera

这次内容我们来介绍一款快速下载的工具aspera，Asprea是一款非常神奇的工具，它可以极大的提高数据传输的效率，不过aspera不能使用root账户来使用，因此，我们切换到普通用户来使用。

生信平台搭建（十六）：NCBI三大工具的安装与使用

做生物信息怎么能离开ncbi数据库呢，这次我们来介绍一下ncbi数据库的使用，平时使用网页也可以操作NCBI数据库，但是毕竟当数据增多的时候，使用网页还是比较麻烦的，这个时候就可以使用ncbi自带的工具软件，blast ，sratoolkit，edirect。

生信平台搭建（十七）：lftp下载基因组数据

下载基因组或者数据库有很多种方法，比如得到数据地址之后，可以使用wget，curl命令进行下载，也可以使用图形化的filezilla，不过当数据比较大的时候，不如直接使用ftp命令直接访问ftp地址进行下载。lftp是一个很好ftp访问工具。

生信平台搭建（十八）：docker安装与使用

我们默认使用的是CentOS系统，如果有些软件只支持ubuntu系统，这个改如何解决呢？还有就是很多软件依赖环境会相互干扰，比如需要不同版本依赖？这些情况下可以使用虚拟机，不过传统的虚拟机都过于臃肿，占用过多资源，docker就在这种情况下应运而生。docker属于轻量级的虚拟机。这样就将各个应用程序相互独立，每个应用程序打包成一个docker虚拟镜像。可以说，docker可以解决所有问题，但是docker运行起来比较麻烦。

生信平台搭建（十九）：搭建私有在线blast

服务器里已经安装完了blast ，以及下载了NCBI的数据库，其实就可以搭建一个私有的在线blast了，这个工作并不难。我们现在就可以在这个小的云服务器行构建出来，只需要配置要固定的网络程序即可，提供在线blast界面的程序包括viroBlast，SequenceServer以及wwwblast，这里我们来安装以下viroBlast。

生信平台搭建（二十）：个性化设置

这是我们本系列内容最后一个篇章，如果能够从前面一直跟到现在，基本上已经完成了生物信息平台框架的工作，基础环境，生物软件，生物数据库，下载测试数……完成这些内容其实就可以开始分析了，后面只不过需要根据具体分析内容在逐步完善即可。

一文完成生物信息服务器环境配置

Linux系统最大的难度就是环境问题，安装软件经常遇到“Error：缺少XXX”文件的报错，这是因为系统配置的原因。所以，配置好Linux系统基础环境之后，后面在安装各种软件就一马平川，丝般顺滑了。本文基于CentOS 7系列系统进行配置，代码已经经过反复测试。一台新安装的服务器，运行如下代码即可快速完成基础环境搭建工作。

一次搞定常用30款生物软件的安装代码

现在很多生物软件都可以通过bioconda来进行管理，非常的方便。不过bioconda会对软件进行一些处理，有些时候还是直接使用源代码编译的软件更加方便，查找起来比较容易，包括目录下软件的相互调用，文档，测试数据，数据库位置的，比较清晰。本文将介绍常用的30款生物软件安装代码，从数据下载，到安装配置，一次搞定。

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