基因组dna提取方法及优缺点(基因扩增之DNA的提取)
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基因组dna提取方法及优缺点
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基本原理
DNA经典的提取方法采用苯酚/氯仿提取法。其原理是根据酚是蛋白质的变性剂,反复抽提,使蛋白质变性,SDS(十二烷基磺酸钠)将细胞膜裂解,在蛋白酶K、EDTA的存在下消化蛋白质或多肽,核蛋白变性降解,使DNA从核蛋白中游离出来。DNA易溶于水,不溶于有机溶剂。蛋白质分子表面带有亲水基团,也容易进行水合作用,并在表面形成一层水化层,使蛋白质分子能顺利地进入到水溶液中形成稳定的胶体溶液。当有机溶液存在时,蛋白质的稳定性遭到破坏,变性沉淀。离心后有机溶剂在试管底层(有机相),DNA存在于上层水相中,蛋白质则沉淀于两相之间。酚-氯仿抽提的作用是除去未消化的蛋白质。氯仿的作用是有助于水相与有机相分离和除去DNA溶液中的酚。抽提后的DNA溶液用2倍体积的无水乙醇在NaCl溶液存在下沉淀DNA,回收DNA用70%乙醇洗去DNA沉淀中的盐,真空干燥,用TE缓冲液溶解DNA备用。
提取原则
1.保证核酸一级结构的完整性;
2.核酸样品中不应存在对酶有抑制作用的有机溶剂和过高浓度的金属离子;
3.其他生物大分子如蛋白质、多糖和脂类分子的污染应降低到最低程度;
4.其他核酸分子,如RNA,也应尽量去除。
为什么用无水乙醇沉淀DNA
用无水乙醇沉淀DNA,这是实验中最常用的沉淀DNA的方法。乙醇的优点是可以任意比和水相混溶, 乙醇与核酸不会起任何化学反应,对DNA很安全,因此是理想的沉淀剂。DNA溶液是DNA以水合状态稳定存在,当加入乙醇时,乙醇会夺去DNA周围的水分子,使DNA失水而易于聚合。一般实验中,是加2倍体积的无水乙醇与DNA相混合,其乙醇的最终含量占67%左右。 因而也可改用95%乙醇来替代无水乙醇(因为无水乙醇的价格远远比95%乙醇昂贵)。 但是加95%的乙醇使总体积增大,而DNA在溶液中有一定程度的溶解,因而DNA损失也增大。
为什么用TE缓冲液洗脱
是弱碱性,TE缓冲液是Tris(三羟甲基氨基甲烷) EDTA缓冲液,这种缓冲液我们一般用作溶解剂或保持剂,主要是调控PH,对DNA的碱基有保护性,(DNA在TE中的稳定性较好,不易被破坏其完整性或产生开环及断裂),包括提取好的DNA也要放在TE缓冲液中保存.TAE是一种电泳缓冲液,主要用于DNA分子的电泳。
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