蛋白与rna直接结合技术（RNA结合蛋白与RNA的缠绵故事）

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RNA结合蛋白是（RNA binding protein，RBP）细胞中一类可以识别特殊的RNA结合域与RNA互作，并参与RNA剪切、转运、序列编辑、胞内定位及翻译控制等多种转录后的调控过程中。

既然RBP功能这么重要，那么有什么办法研究RBP与RNA相互作用呢？还是StarBase这个神器（http://starbase.sysu.edu.cn ）

这个神器可以研究RBP与多种RNA的相互作用，包括mRNA、lncRNA、pseudogene、sncRNA、circRNA。点击选择你感兴趣的项目，即可进入数据展示和筛选界面。

工具左边的栏目的选项和之前文章介绍（往期文章见文章底部）大同小异，主要设置RNA结合蛋白RBP和Target Gene，其他的设置主要是设置筛选的范围和证据的严格度。

右边的显示栏解释如下图，用户可以在上图里选择靶基因，也可以在下面的“Search”

“HepG2 (log2FC)”和“K562 (log2FC)”为在这两种细胞里，敲降RBP时gene的表达变化。点击“Pan-Cancer”下的数字后，网页会跳转到显示在TCGA中的结果。

点击“ClusterNum”，跳出结果显示框解释如下：

点击“ClipExpNum”

点击“Accesion”可查看证据数据在GEO的数据来源，也可以根据“Reference”查看证据的原始文献。

RBP与Target的相互作用部分的操作，只有RBP-CircRNA的结果显示不一样，结果界面相对少一点，其余部分都是一致的。

祝大家能有满意的实验结果！

—END—

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