perl脚本如何执行（在Linux和）

编者荐语：

目前python已经火遍微信朋友圈广告以及公众号底部广告，各种洗脑广告大有追赶360借条之势，不过perl依然有广泛的基础，有很多生物软件需要依赖perl语言，很多人嘲笑写perl的落伍了，其实我们不仅会perl，还精通python，R……

以下文章来源于生信科技爱好者 ，作者沈维燕

生信科技爱好者

Bio IT 爱好者专栏，生物信息学与互联网科学技术分享。

Perl 是一种功能丰富的计算机程序语言，运行在超过 100 种计算机平台上，适用广泛，从大型机到便携设备，从快速原型创建到大规模可扩展开发。在生物信息分析领域，Perl 主要是做数据预处理、文本处理和格式转换、对算法效率要求不高的分析软件开发，系统管理和 pipeline 搭建等工作。这里对 Linux（主要是 CentOS）、Windows 下 Perl 的安装做一个备忘。

一、CentOS 7 下安装 Perl

1. 源码包下载

在官方网站下载新版本的源码包：http://www.perl.org/get.html，我下载的是 perl-5.26.1.tar.gz。

2. 解压，设置源码

$tarzvxfperl-5.26.1.tar.gz $cdperl-5.26.1 $./configure--help Usage:Configure[-dehrsEKOSV][-fconfig.sh][-Dsymbol][-Dsymbol=value] [-Usymbol][-Usymbol=][-Acommand:symbol...] -d:usedefaultsforallanswers. -e:goonwithoutquestioningpasttheproductionofconfig.sh. -f:specifyanalternatedefaultconfigurationfile. -h:printthishelpmessageandexit(withanerrorstatus). -r:reuseCsymbolsvalueifpossible(skipscostlynmextraction). -s:silentmode,onlyechoesquestionsandessentialinformation. -D:definesymboltohavesomevalue: -Dsymbolsymbolgetsthevalue'define' -Dsymbol=valuesymbolgetsthevalue'value' commonusedexamples(seeINSTALLformoreinfo): -Duse64bitintuse64bitintegers -Duse64bitalluse64bitintegersandpointers -Dusethreadsusethreadsupport -Dinc_version_list=nonedonotincludeolderperltreesin@INC -DEBUGGING=noneDEBUGGINGoptions -Dcc=gccchooseyourcompiler -Dprefix=/opt/perl5chooseyourdestination -E:stopattheendofquestions,afterhavingproducedconfig.sh. -K:donotuseunlessyouknowwhatyouaredoing. -O:ignoredforbackwardcompatibility -S:performvariablesubstitutionsonall.SHfiles(canmixwith-f) -U:undefinesymbol: -Usymbolsymbolgetsthevalue'undef' -Usymbol=symbolgetscompletelyempty e.g.:-Uversiononly -A:manipulatesymbolaftertheplatformspecifichintshavebeenapplied: -Aappend:symbol=valueappendvaluetosymbol -Asymbol=valuelikeappend:,butwithaseparatingspace -Adefine:symbol=valuedefinesymboltohavevalue -Aclear:symboldefinesymboltobe'' -Adefine:symboldefinesymboltobe'define' -Aeval:symbol=valuedefinesymboltobeevalofvalue -Aprepend:symbol=valueprependvaluetosymbol -Aundef:symboldefinesymboltobe'undef' -Aundef:symbol=definesymboltobe'' e.g.:-Aprepend:libswanted='clpthread' -Accflags=-DSOME_MACRO -V:printversionnumberandexit(withazerostatus). #设置源码 $./Configure-des-Dprefix=/usr/local/software/Perl-5.26-Dusethreads-Uversiononly

3. 编译安装

$make ...... make[1]:***[IO.o]Error1 make[1]:Leavingdirectory`/users/rmi1/build/perl-5.12.0/dist/IO' Unsuccessfulmake(dist/IO):code=512atmake_ext.plline449. make:***[lib/auto/IO/IO.so]Error2

如果在 make 编译过程中出现如上报错，请参考 Make error when compiling Perl 5.12.1 (RHEL 5.5) 执行下面操作：

$makeclean $unsetC_INCLUDE_PATH $./Configure-des-Dprefix=/usr/local/software/Perl-5.26-Dusethreads-Uversiononly $make

继续验证编译，执行安装：

$maketest $makeinstall#命令完成后，基本安装就完成了

4. 调整环境变量

在 ~/.bashrc 中把 Perl 添加到 PATH 中，然后 source ~/.bashrc 刷新。

exportPATH="/usr/local/software/Perl-5.26/bin:$PATH"

5. 安装完成

$perl-version Thisisperl5,version26,subversion1(v5.26.1)builtforx86_64-linux-thread Copyright1987-2017,LarryWall PerlmaybecopiedonlyunderthetermsofeithertheArtisticLicenseorthe GNUGeneralPublicLicense,whichmaybefoundinthePerl5sourcekit. CompleteDOCumentationforPerl,includingFAQlists,shouldbefoundon thissystemusing"manperl"or"perldocperl".Ifyouhaveaccesstothe Internet,pointyourbrowserathttp://www.perl.org/,thePerlHomePage.

查看 Perl 配置汇总信息：

$perl-V#该命令会把对应perl配置、模块路径所有信息汇总打印出来 Summaryofmyperl5(revision5version26subversion0)configuration: Platform: osname=linux osvers=2.6.32-696.10.1.el6.x86_64 ...... Builtunderlinux CompiledatSep17201716:35:49 @INC: /usr/local/software/Perl-5.26/lib/perl5/site_perl/5.26.1/x86_64-linux /usr/local/software/Perl-5.26/lib/perl5/site_perl/5.26.1 /usr/local/software/Perl-5.26/lib/perl5/5.26.1/x86_64-linux /usr/local/software/Perl-5.26/lib/perl5/5.26.1

二、Windows 7 下安装 Perl

在 Windows 下的 Perl 安装，我们推荐使用 ActivePerl，安装步骤如下。

ActivePerl：https://www.activestate.com/products/activeperl/

2.1 安装包下载

在这里我们下载 64-bit 的 Perl-5.26.3。

2.2 安装与设置

ActivePerl-5.26.3.2603-MSWin32-x64-a95bce075.exe 安装包下载完后，我们直接点击进行安装。

选择 "Custom" 自定义安装：

自定义安装路径：

把 Perl 添加到系统环境变量：

Perl 安装完成后，我们在 DOC 命令行输入 perl -V，可以看到详细的相关信息：

如果我们在安装过程中没有勾选把 Perl 添加到系统环境变量，DOC 中直接执行 perl -V 会出现 "'perl' is not recognized as an internal or external command" 提示，这时候我们需要手动把 Perl 添加到 Windows 的系统环境变量中就可以了。

2.3 配置 cpan

为了更好对 Perl 进行扩展，方便以后的模块安装，我们最好配置一下 cpan。ActivePerl 有个好处就是在初始化 cpan 的时候会自动把 dmake、gcc、g 、mingw32-make 等 windows 常用的编译工具一起安装到 "$Dprefix/site/bin" 目录下，免去了我们手动安装这些编译器的各种麻烦。

2.4 安装完成

到这里，windows 下的 ActivePerl（perl-5.26）就安装完成了！