历史上的孔子家族（孔子后裔出现三个不同的父系来源）

五代孔末乱孔事件（自己去百度资料）：孔末乱孔，又名孔末之乱，是五代十国时期的谋杀事件，因此事，孔子家族的大宗支（注意是大宗，不是全部）险些断绝，逃过劫难的孔仁玉则在日后中兴孔族。孔子后人继承衍圣公这头衔是从西汉开始一直持续到南宋。孔景原本是孔府的一个杂役，据说原本姓刘（进孔府之后都改姓孔），后梁乾化三年（公元913年），孔景的后裔孔末眼见天下大乱，时局动荡，起了谋逆夺位的野心，遂伙同暴徒将生活在曲阜的阙里孔氏一一杀害，最后，孔末又到泗水杀了孔子四十二世孙孔光嗣，夺其家产，取代其位，主孔子祀，俨然以孔子嫡裔自居。经此事件，曲阜的孔子后裔几乎被杀尽。孔光嗣的堂兄孔桧避乱，辗转南迁到浙江平阳。

孔仁玉真假疑案：（1）官方版本：孔光嗣的独生子孔仁玉此时刚满九月，被其母亲张氏抱回张羊村娘家，幸免于难。孔仁玉在母家的抚养下逐渐长大成人。后唐明宗长兴元年（公元930年），鲁人将孔末假冒嫡裔，窃取官爵之事告之于官府，“曲阜令孔末非圣人之后，光嗣有子名仁玉，现育于外婆张氏家中”。后唐明宗得知此事后，派人前往曲阜详加调查，确认属实，于是下令处死孔末，命孔仁玉任曲阜县主薄，主孔子祀。孔子家族经历大难后，终于在孔仁玉这一代而中兴，孔氏后人因此尊称孔仁玉为中兴祖。《孔子世家谱》民国版初集卷一、卷二“父被害时公生方九月，母张氏抱归外家，获免于难。”（2）民间版本：民间传说，孔末原本姓刘，大杀孔族时孔仁玉已九岁，孔末追杀至孔仁玉乳母张氏家中，因张氏长子与孔仁玉年龄相仿，且皆为秃子，张氏便让长子换上孔仁玉的衣服代死，最终被孔末所杀。这种说法被署名孔德懋（末代衍圣公孔德成二姐）、实为其女柯兰所撰的《孔府内宅轶事》所采纳，但孔令朋著《孔裔谈孔》认为此说不确。孔仁玉为报母家救命养育之恩，奏请皇上恩准孔府认张家为世代恩亲，张家的后人不管哪一代到了孔府，都必须以贵宾相待。同时尊张温为中兴外祖张公，每年按时祭祀张温的墓地，并为之置办祭田，还报请朝廷永久免除张家的徭役；日后孔府又在曲阜城外张羊村设一片小树林，称为“张家林”，为张家的专门墓地。每逢祭孔仁玉和其母张夫人时，张家嫡孙都要陪祭，有时也请张家代替扫墓。（3）质疑版本：后人随有质疑真孔仁玉是否真的掉包，也就是说后来的“孔仁玉”也有可能是张氏的长子，而真的孔仁玉确实被杀了。

宋代孔氏南北宗并立事件 ：北宋靖康元年，金兵大举南犯，后来掳走宋徽宗、宋钦宗两个皇帝。公元1128年，宋高宗在扬州举行郊祀，征召孔子后裔参加，以表明自己的正统身份。此时，孔子第四十八世孙孔端友奉诏带族人南下扬州。后来，宋高宗又辗转来到临安，将这里当作行在。宋高宗下令赐孔氏定居衢州，并在那里兴建家庙，供奉孔子夫妇楷木像，一切礼仪和曲阜一样，孔氏南宗就此形成。孔端友南渡后，金国扶持刘豫建立伪齐政权，刘豫封孔端友胞弟孔端操次子孔璠为“衍圣公”，主奉曲阜孔林孔庙祭祀。如此一来，“衍圣公”出现了南、北两宗并立的情况，金国贵族曾在曲阜册封过“衍圣公”。孔端友后来无子绝户，南宋这边后来还找了孔端操幼子孔玠袭爵。

元代蒙古人扶植假衍圣公一案：而后过了一百年，由铁木真的儿子窝阔台率领的蒙古汗国的军队占领山东曲阜，又立既非孔端友也非孔端操的直系后代的旁支后代----孔子第五十二代嫡孙孔之全为“衍圣公”，这样，13世纪20年代（1220年代），蒙古、金、南宋三国并立之时，曾出现“天有三日”—三个“衍圣公”（孔端友直系后代、孔端操直系后代、孔之全）的局面。忽必烈统一之后，大臣上疏称，孔氏有南宗、北宗，但只应有一个“衍圣公”，应由孔子的嫡传后裔，即衢州孔端友的后人袭封。元世祖觉得很有道理，便钦定南宗为“衍圣公”，且下令他们从浙江衢州搬回山东曲阜奉祀。孔氏南宗的第六代“衍圣公”孔洙奉诏入京，他对元世祖说，他的六代先祖都葬在衢州，并建有衢州家庙，实在不忍放弃衢州的祖坟，愿将“衍圣公”爵位让给孔氏北宗。元世祖“十分感动”，称赞他“宁违荣而不违亲，真圣人之后也”。那么后来蒙古人到底立了谁为衍圣公呢？网上有帖子言，其实元朝乃胡虏，汉人视其为仇敌，所以孔洙乃是断然拒绝元朝朝廷的册封。蒙古人为了糊弄世人，况且杭州离其统治中心大都北京太远，于是就册封了一蒙古人改姓孔继承衍圣公头衔。于是，山东的衍圣公就这么繁衍下来了。后明王朝不明就里，也糊里糊涂的册封了山东的假衍圣公。满清也如此，一直到民国。（参考：台湾衍圣公“孔德成”并非是孔子后人，他是蒙古人后代_国际观察_天涯论坛http://bbs.tianya.cn/m/post-worldlook-935480-1.shtml）

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内孔与外孔之争：宋朝建立后，孔仁玉的后裔均同居于孔庙内，称为“内院”，世称“真孔”、“内孔”或“内院孔”。孔末后代则称为“外院”，世称“伪孔”、“外孔”或“外院孔”。孔仁玉有曾孙十一人，其中三人无嗣，一人后嗣失考，一人传一代而绝，一人的后裔外迁，这样只有五家的后裔定居于曲阜，后人便按着五位祖先的职衔称作“五位”，即袭封位（嫡长）、中散位、侍郎位、中舍位、博士位。外孔则认为内孔为“伪孔”，他们才是“真孔”，也仿照内孔将其子孙分为五系，称为五院，分别是宅上院，为小薛社民；洙泗院，为张阳社民；驾部院，为西隅社民；文登院，为东忠社民；三传院，为西忠社民；合族与孔子后裔“为难”。之后，外孔与内孔矛盾不断，甚至继续引发了仇杀。内孔认为与外孔并不同宗，后者是仆随主姓而姓孔，加之孔末曾大杀孔子后裔，冒宗冒爵，所以与其永为世仇。孔子五十四世孙袭封衍圣公孔思晦在孔礼事件后，对外孔冒充圣裔非常气愤，认为外孔与内孔不共戴天，将他们列入族内共同祭祖绝对不行，于是会集族人，考核典故，将孔末子孙一律斥之，又重刻宗谱元中兴重立宗支图于石碑之上，防止冒充或混入宗谱。此后，孔子家族在在编修家谱时都极其审慎严格，号称“宁漏一千不妄收一人”。此外，流寓外地支派的支谱送交衍圣公府时，只收不录，直到民国时期的第四次大修家谱期间，才将家谱修成“全国谱”。

从以上历史事件看，曲阜孔姓至少有几大可能来源：

孔子后裔：孔末主要杀的是孔姓大宗，未见得孔子后裔都杀完。中兴孔仁玉也有可能真是孔子后裔。

孔末后裔：孔末为孔府杂役，孔末乱孔后，繁衍了一些子孙。后世多认为其为外孔。

蒙古人后裔：因孔姓子孙拒受蒙古人册封，蒙古人找个蒙古人做替身册封为衍圣公，这种可能性非常大。而且如果蒙古人继承“衍生公”封号，与孔子后裔同居内孔，受到历朝历代优待，其人口发展速度会很快。

张氏后裔：如果真孔仁玉被杀，那么后来的孔仁玉就应该是张氏子孙。

那么现在分子人类学结果出来了，分别有C3、Q1a1、O3三大高频Y类型，这与历史上这几大乱孔事件恰好吻合，但问题是到底哪个Y类型对应哪个后裔呢？