pubmed高级检索方法(科研干货Pubmed检索实用指南)
作者:解螺旋.小米
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·导语·
Pubmed是国际上公认的最具权威的生物医学文献数据库,检索文献用Pubmed,一般人都知道。不过解螺旋还是会经常收到读者关于Pubmed和文献检索各种各样的问题,今天咱们就一次性解决问题,把Pubmed的基本、高级和精准检索功能做个梳理,大家各取所需吧。
基本检索功能
呦,还不一样?对于输入Pubmed的多词词组,它会查询词组索引,如果查到相应词组会将其作为一个检索词来检索,如果没有查到相应词组,则将其拆分成单个词分别检索。所以liver cancer lncRNA就相当于Liver AND cancer AND lncRNA,我不想把词组分开咋办?可以通过以下方法:
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加双引号:“liver cancer”“lncRNA”
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加标段标识[tw]:liver cancer[tw] lncRNA
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加短横线“-”:liver-cancer lncRNA
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加截词符“*”:liver cancer* lncRNA
如果检索完毕你对这篇文章感兴趣,则直接点击进入即可:
左边是文章摘要和作者信息等,右边两个红框是全文链接:
LinkOut-more resources这里也可以链接到数据库哦:
点击任意一个进入相应的数据库,会有pdf标识的链接,然后就能下载啦!
查询的关键词类型大致可以分为:
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词语(主题)检索:在检索框中直接键入英文单词或短语,大小写都可。
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著者检索:在检索框中键入著者姓氏全称和名字的首字母缩写,注意格式为:著者姓空格 名字首字母缩写",如施一公,shi yg.
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刊名检索:在检索框中键入刊名全称或medline形式的简称、ISSN号,例如:molecularbiology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524,然后回车或点击Go,系统将在刊名字段检索,并显示检索结果。
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日期检索:在检索框中键入日期或日期范围,日期的录入格式为YYYY/MM/DD;如:1999/09/08;只用年份或年月,如:2000或1999/12。
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期刊子集(辑) 检索:检索词ANDjsubseta,如:neoplasm AND jsubseta。可供检索的期刊子库有3种:Abridged Index Medicus(有120种重要核心期刊)、Dental和Nursing。分别使用jsubseta,jsubsetd, jsubsetn进行限定。
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检索带文摘的记录:检索的格式为:检索词AND has abstract, 如:liver cancer ANDhas abstract。要注意的是在1975年前出版的文章,其MEDLINE记录中没有文摘。
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布尔逻辑检索:PubMed系统允许使用布尔逻辑检索,只要在检索框中键入布尔逻辑运算符(AND,OR或NOT)。具体使用时要注意的问题,详见上第2点所述。
高级检索功能
如果你要是有所针对,特异性的搜索具体作者、杂志或者其他信息等,还可以进行更加高级的检索, 高级检索技巧有两个入口:一个入口是通过搜索前的advanced进入,就在pubmed首页搜索框的下面。
这里有三个高级搜索选型:
1.是左侧的and or not选项,很好理解。
2.是搜索框选型,fieids,选择你需要选择的搜索范围。
3.是index索引,以cancer为例,点击list,出现下图内容,可以很方便的选择子方向,这个选项可以大大的提高我们的检索效率,缩小工作范围。
第二个功能入口:是我们搜索之后的界面,在左侧的选项。
还是以cancer为例,左侧出现了additional filter,这里我们可以把我们需要的内容进行筛选,比如我需要找到临床试验类型的文章,就在article types 中点击clinical trial,需要查看最近5年的文章,就选择publication data 5 years,等等。这个功能能够帮助我们快速的筛选出我们需要的文章类型,很好用。
想要查看pubmed的检索的详细内容,可以点击右下侧的search details,点击see more,你将会看到pubmed的全部搜索信息,同时提供修改。
精准检索功能
PubMed上找论文时,如果关键词好几个,由于单词间的空格键存在AND命令,导致明明要搜的是词组,搜索不是被放大就是缩小,很难检索到合适且关联度高的文。例如,你想找和肠炎与肿瘤坏死因子相关论文,搜索关键词:Inflammatory bowel disease TNF。结果如下:
试试搜索关键词:IBD TNF
如果还想要基因检测方向的呢?搜关键词:genetic test IBD TNF
用简称缩写确实一下子就将目标范围缩小了好几倍,然而很多词汇并没有简称,而且由于单词间的空格存在AND命令,将多个关键词一起输入时很容易导致找不到,需要交集计算的太多啦!找个文献难不成还要先熟练一下搜索命令又是引号又是括号吗?当然不用啦,又不是程序员!
怎么才能快速搜到我想要的论文呢?别急,看看下面在基因检测方向怎样快速靶向定位的例子,你就一切都了然了。
1、首先选择PudMed的使用工具下的临床资料(Clinical Queries)
2、输入一级关键词”IBD”
3、在左右两边的临床研究目录以及临床遗传学下选择范围,如病因、诊断、治疗、预后和临床预测指南等。
选择右下的see all,回到PubMed主页。
4、输入你的二级关键词:TNF,根据你的需要选择排序方式。例如,出版时间、关联度、杂志等。选择很多年前的文章作为参考文献,数量就不能多!如果五年十年前的参考文献超过70%,这是打算写给谁看呢?
OK啦,你的目的达到了。
除此之外,你也可以通过布尔(BOOLEAN)运算来提高你的效率,最常用的三种布尔运算即是AND,OR和NOT。
AND提供的运算方式即不管所输入的两个关键词语并列列出,OR则是将出现至少一个关键词的文章列出,这种运算在想将相似主题的文章罗列在一起时,十分有效。NOT运算可以在你的检索范围内将某些不需要的部分除去。
但是在使用的时候要特别注意,会有可能将一些你所需要的文章漏掉。比如当你的检索词为LEAD POISONING NOT CHILDREN时,除了会删除掉那些仅讨论儿童的文章,同时也会删去那些同时讨论儿童及其他年龄组的文章。
收尾:批量保存和打印文献
Pubmed建立的生物医学文献检索系统,免费文献比例有限,不过一般高校都会买数据库权限,大家在校园局域网内可以任性下载文献、了解领域内科研前沿。 检索好自己想要的文献,免不了要收藏保存。打开Summary下拉菜单选择其中一种格式,然后点击Save键;要保存特定记录时,点击记录左边的选择框予以标记后,再点击Save键。
使用浏览器的打印功能,即可把感兴趣的内容打印出来。系统允许每页最多显示500条记录。如果想打印成文本格式,请先点击Text键,然后再打印。到这 pubmed检索的一些基本功能,了解更深入的功能请继续关注解螺旋。
编后语:
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