单细胞分析教学(0基础学习单细胞分析)

单细胞分析教学(0基础学习单细胞分析)(1)

单细胞技术的蓬勃发展为揭示细胞异质性,理解细胞在生理和病理过程中功能创造了有利条件。以scRNA-seqscDNA-seq等单细胞技术为基础的多组学和跨组学组合,为生命科学、医学研究提供了新的多维度见解,让我们更好地理解基因、蛋白质和转录因子间的相互作用,重构单个细胞及组织内细胞的空间组织结构,预测组织/器官内受目标细胞影响的细胞亚群等,是目前最热门的研究技术之一,也可以说没有之一!

火热7月,我们“科研日精进课堂”邀请来了单细胞分析领域的技术大牛,为大家精心准备了一场为期11天的线上学术盛宴--单细胞分析实操精讲班。持续输出技能干货,攻克个性化分析难点,我们志在做最好的单细胞培训!

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主办平台

科研日精进课堂

授课形式

11天直播课 永久答疑 无限回放

开课时间

每天 19:30-21:00,课前半小时答疑

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永久答疑,0基础可掌握

提供高性能服务器配合练习

赠送linux和R语言基础课程

单细胞测序完整分析流程和个性化分析

课程插图

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课程安排

向上滑动查看课程表

第1天 R语言基础

1. R和Rstudio安装

2. R包安装

3. R基本语法

4. ggplot2绘图包介绍

第2天 单细胞研究技术背景

1. 单细胞转录组技术简介

2. 单细胞免疫组库简介

3. CellRanger使用介绍

4. GEO公共数据下载介绍

第3-4天 Seurat细胞分群分析

1. Seurat细胞分群(案例解读)

2. 双细胞去除

3. 读入counts数据

4. 过滤和质控

5. 多样本整合分析

6. 细胞marker鉴定

7. 细胞注释策略详解

8. 组间差异比较分析

9. 基因功能富集分析

第5天 Monocle拟时分析

1. monocle拟时分析(轨迹推断,案例解读)

2. 基因选择

3. 降维

4. 细胞排序

5. 拟时相关基因鉴定

第6-7天 scVelo单细胞速率分析

1. scvelo单细胞速率分析介绍(轨迹推断,案例解读)

2. python3基础知识

3. velocyto分析非剪切与剪切counts

4. scvelo分析

第8-9天 CellChat细胞互作分析

1. CellChat细胞互作分析(案例解读)

2. 单一数据集分析

3. 多数据集差异分析(相同细胞构成)

4. 细胞排序

5. 多数据集差异分析(不同细胞构成)

第10天 SCENIC转录因子调控网络分析

1. SCENIC转录因子分析(案例解读)

2. 共表达网络推断

3. 转录因子结合motif分析

4. 细胞调控网络活性得分

第11天 Immunarch单细胞免疫组库分析

1. immunarch免疫组库分析(案例解读)

2. 免疫组库重复分析

3. VDJ基因使用分析

4. 多样性分析

5. 克隆型追踪

6. motif分析

课程介绍

平台

"科研日精进课堂"是一个广大科研人员学习提高生物信息分析能力,获取最新生信技巧和资讯的活跃平台。

讲师

王老师科研日精进课堂高级讲师

中山大学生物信息专业博士,曾先后任职华大基因临床科研经理,知名测序公司生信总监。2021年创办广州数智生物科技有限责任公司,专注单细胞多组学分析,主导开发了无代码生信分析云平台CellHub,在线生信绘图工具GraphBio,目前累计使用超4000人次,并被国外友人评为7个最好的R应用之一。近年来研究成果发表于European Urology、Cell Reports等权威学术期刊。

学习

1. PC 端:学员可以在PC端进行学习,方法是在网站"www.keyandaydayup.com"中点击视频课。

2. 微信端:在公众号“科研日精进课堂”点击视频课-直播课。

3. 课程在两年内均可以无限次回放。

答疑

1. 答疑期间,学员可以共享自己的屏幕并语音互动,讲师帮助解决学员遇到的问题。

2. 课程结束,学员可以继续在答疑群提问,获得终生答疑。我们坚持,报名一次,服务终身,保证让您掌握所有的知识。

缴费

1. 推荐直接线上购买课程;

2. 若需对公转账,可先拍下课程,然后课程助理会与您沟通,我们会在单位转账完成后退还费用。

发票

可提供培训、会议通知或合同等,发票可开会议注册费、测试分析费等内容。

培训费用

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3600元/人

拼团优惠300元,3人成团,7月15日前报名再优惠100元,优惠券直接在报名页面领取。另赠送R和linux预习课程,请尽量早报名哦!

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报名方式

1. 扫描二维码,线上报名

2. 收到报名信息,我们会电话或微信与您沟通

3. 课程助理会根据您要求提供合同、会议通知(邀请函)、发票等,发票明细可开培训费、会议费、技术服务费、测序分析费等。

报名入口

客服微信

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