nga是什么检测项目（NGS测试结果的质量亟需提高）

业内人士猜测，如果更多的保险公司如Highmark开始要求他们的第二代测序（NGS）测试服务满足认证要求，而且这些要求超出了现行法规规定的话，实验室将会提出反对意见。

Highmark公司于8月份向几家网络内实验室发函，要求提供他们的种系和体细胞NGS癌症测试的验证数据，这些数据超出了临床实验室改进修正案（CLIA）的认证要求或美国病理学家学会（CAP）的认证要求。从那时起，一些轻微的反击就已经开始出现了。

在信中，Highmark建议实验室通过第三方机构进行这种额外的验证，并建议他们使用一家名为基因组解释中心（CGI）的非营利机构，同时对实验室的其他想法持开放态度。

CGI主要进行基于人工设计的评估，以确定实验室在NGS测试服务中正确检测、命名和解释变体的能力。据CGI首席执行官兼联合创始人Julie Eggington称，该组织在过去一年中一直在与付费方进行试点，以深入了解所有美国临床实验室必须遵守的CLIA联邦监管标准所未涉及的测试质量领域。

在谈到美国国会30多年前对实验室测试法规的修订时，Eggington说：“1988年法规对任何人都没有帮助。”

为了获得由医疗保险和医疗补助服务中心管理的CLIA认证，像那些进行NGS测试的高复杂度实验室必须每两年通过一次由CMS批准的国家或私人组织（如CAP）进行的实验室系统和流程调查；监督测试的人员必须符合某些资格；实验室必须参加能力测试（PT）项目以确保测试的准确性。

然而，能力测试的目的是确定基因测试在分析上是否有效，它们可以检测到病人样本中存在的变体。但它们并不确定测试是否具有临床有效性，例如，它们可以正确地解释所检测到的变体会增加病人的癌症风险或对药物的反应机会。

然而，Highmark对其网络内实验室提供的NGS癌症测试的分析和临床有效性都很感兴趣，并建议他们通过CGI基于硅的质量评估计划来验证他们的测试，该计划评估实验室检测和解释变体的能力（关于CGI质量评估方法的更多细节见第一部分）。

尽管有些人反对新的认证要求，Highmark还是坚持了这一要求，并计划扩大这一要求以包括不同类型的NGS测试。其高级医疗总监Matt Fickie预测，其他保险公司将效仿Highmark的做法，提出类似的要求。

这样的情况可能会让基因测试实验室不满意。

例如，Invitae公司在收到Highmark公司的信后与该公司进行了会谈，并劝阻该公司不要助长这样一种环境，即实验室必须为每个付费方履行不同的期望。

Invitae首席医疗官Robert Nussbaum说：“我们理解付费方和供应商希望保证质量，但质量评估可能是主观的，特别是当人们超越了分析的有效性。对于把关人的激增这件事，我们很担忧，每个人都有自己的质量定义，这将使我们不得不在没有报酬的情况下加倍努力，以满足一个又一个付费方的要求。”

Nussbaum知道至少还有一家大型商业保险公司正在考虑实施NGS质量评估计划，其要求与Highmark的要求不同，如果更多的付费方开始做同样的事情，会使实验室的成本增加，而且难以遵守。

UnitedHealthcare保险公司说，它正在Optum Genomics的帮助下评估基因测试的质量，并与CGI讨论。Optum Genomics（隶属于UnitedHealthcare集团的Optum子公司）审查分子诊断的分析和临床有效性数据。

Nussbaum说：“满足所有这些自我提名的质量监管者的成本将导致医疗系统的成本增加，并最终影响到病人。”

但Highmark似乎特别热衷于了解实验室变体解释的质量，Nussbaum强调，Invitae已经将近一百万个变体存入ClinVar，这是美国国立卫生研究院资助的遗传变体及其与疾病关系的公共档案。

Invitae定期与其他实验室合作，试图解决公共数据库中的变体差异，并通过雇用变体分析专家和投资生物信息学能力，建立了一个强大的变体分类业务。此外，Nussbaum表示，Invitae是为数不多的符合被称为ISO的国际标准的美国实验室之一。

“我不认为一个符合我们的质量标准并与ClinVar分享我们解释的实验室会从任何一个质量监护人那里特别受益。”

在他们的讨论中，Highmark似乎理解公司的立场，并明确表示新的要求并不是针对像Invitae这样拥有广泛质量管理系统的实验室。

“他们认为这是将许多真正的不良行为者剔除出去的一种方式。”

再询问十几家著名的实验室是否收到了Highmark的信后。很多人没有回应，做出回应的实验室代表要么说他们没有收到Highmark的信，要么拒绝评论。

缺位的监管

虽然近年来NGS测试在市场上迅速扩散，但在Eggington看来，监管体系还没有同步发展，以确保实验室向患者提供准确的结果。

“我希望美国食品和药物管理局（FDA）能全面监管这个行业，这是很有必要的。”

市场上的大多数基因测试都是在一个实验室内开发和进行的，目前是在CLIA的监督下进行的，而分布式测试试剂盒则可以在多个实验室进行，并作为设备由FDA监管。

看到基因测试的数量和复杂性的增长，FDA多次试图取消其对实验室开发测试（LDTs）的长期执法自由裁量权政策，但都被实验室行业和病理学家团体所阻挠，他们认为该机构缺乏监管此类测试的法定权力。

一项名为VALID法案的法案将通过赋予FDA对所有诊断方法（包括LDTs）的法定权力来消除这一长期分歧，但立法者最近决定不将其纳入另一项必须通过的法案。

在没有立法解决方案的情况下，FDA试图促使实验室提交他们的辅助诊断，确定病人是否有资格使用特定药物所需的测试，以供审查，虽然少数实验室，如Foundation Medicine，已经获得了FDA的批准，但市场上有很多LDT没有得到批准，却被用于做出治疗决定。

在这种不确定的监管环境中，Fickie认为保险公司有机会充当NGS测试质量的‘执行者’。但是，通过要求查看实验室变体解释的质量，Highmark公司正步入遗传学领域一个尚未解决的争论领域，即实验室确定变体临床意义的能力，这涉及到生物信息学软件和生物或医学博士的专业知识，目前可以由FDA或CLIA进行监管。

许多遗传学专家坚持认为，医学博士或生物学博士的参与使得变体分类类似于医学实践，而FDA和CLIA对此没有影响力。

马萨诸塞州综合医院的病理学家、CAP分子肿瘤学委员会副主席Neal Lindeman说：“就像他们不告诉外科医生他们是否正确地切除了胆囊一样，他们也不告诉医生他们是否正确地进行了[变体]解释。”

FDA体外诊断和放射健康办公室前主任Alberto Gutierrez对变体分类是医学实践的说法提出质疑：“尽管CLIA应该确保实验室雇用的专业人员的资格，但据我所知，它目前并没有确保实验室主任拥有必要的生物信息学专业知识，那就很难提出他们的变体解释构成医学实践的论点。”

CLIA咨询委员会（CLIAC）自1992年以来一直向CMS建议如何修订CLIA法规以确保测试的质量，该委员会已经认识到这一缺陷，并正在创建一个工作组，将为进行NGS生物信息学数据分析和解释的实验室人员提出资格要求。

当涉及到生物信息学部分，或NGS测试服务的干实验室部分时，FDA认为如果软件用于治疗选择，它就有监督权。

上周，在一份关于临床决策支持（CDS）软件的最终指南中，该机构提供了它打算监督的设备软件功能的例子。其中一个例子是包含通过NGS分析仪识别的患者变体的电子文件的软件，并为FDA批准的治疗方案提供建议。

在律师和基因测试法规专家Jennifer Wagner看来，该机构的行为违背了国会在《21世纪治愈法案》中的意图，即把某些CDS排除在FDA的设备监管之外，例如，如果医疗保健提供者可以独立审查软件提出的建议。

Wagner说：“鉴于指南中与NGS生物信息学软件有关的例子，FDA试图把每一种软件都抓回它的管辖范围。FDA似乎已经确定了它的想法，这基本上忽略了利益相关者对2019年指南草案的意见，非常令人失望。”

此外，以NGS生物信息学软件为例，FDA似乎声称它对NGS测试服务的干实验室部分有监督权，即使其对LDT的法定权力存在疑问，湿实验室部分仍将受到CLIA的监管。

Wagner预计实验室会反对，但不确定这是否会对FDA的立场产生很大影响，因为该机构已经选择通过指导意见进行监管，指导意见不像法规或规则那样具有法律约束力，但该机构仍然可以利用指导意见来促使实验室与其立场保持一致。

Gutierrez目前在NDA Partners为实验室提供监管咨询，他指出，尽管FDA目前对实验室测试行使执法自由裁量权，但对于某些类别的测试，如辅助诊断，该机构会审视实验室的整个测试过程，包括对代表性变体类型的解释。FDA审查的目的是保证实验室的整个NGS测试管道‘可能提供一个真实的结果’，并补充说像CGI提供的NGS质量评估项目可以帮助提供这种见解。

FDA还推进了其他计划，试图提高NGS测试的准确性。例如，当Gutierrez领导OIVD时，该机构在其PrecisionFDA计划中主办了人工设计变体检测挑战，以帮助实验室提高NGS测试的分析有效性。该机构已经认可了ClinVar中专家策划的生殖系变体子集和纪念斯隆-凯特琳公司OncoKB数据库中的部分体细胞变体，因此实验室可以用它们来证明其测试的临床有效性。

但是，只要该机构对LDTs实行执法自由裁量权，当涉及到大多数上市的基因测试时，所有这些仍然是自愿的。虽然CLIA规定，所有临床实验室必须证明其测试的分析准确性，并修复检查员或在能力测试（PT）中发现的任何测试质量问题，但监管专家说，这些框架旨在刺激实验室进行自我纠正，而且这些问题很少被公开。

常规和特例

无论FDA在LDT监管辩论中的立场如何，Eggington在CGI的目标是使用类似PT的框架来帮助保险公司评估他们所涵盖的NGS测试是否能检测和解释实验室所说的变体类型。她说：“即使FDA不出面，如果我们能与付费方合作，阻止资金流向不准确的、临床上无效的测试，他们将别无选择，只能通过提供准确的、临床上有效的测试在这个行业生存。”

尽管根据CLIA规定，中等和高复杂度的实验室必须通过外部PT项目来证明其测试的分析准确性，但在Eggington看来，这些评估太容易了，而且没有对实验室进行罕见或难以检测的变体测试。

CAP是为高复杂度实验室提供PT的最大供应商；该组织去年72%的营业收入归功于其PT产品和病理学家质量登记册。在每年数次的PT调查中，CAP要求实验室测试来自患者的盲法样本或来自细胞系的工程样本，甚至是测试人工设计样本。实验室的研究结果将与真相集或所有参与挑战的实验室的平均值进行比较。

CAP为癌症中最常见的NGS应用提供PT项目，包括实体瘤和血液恶性肿瘤的测试，以及无细胞DNA检测组合。据Lindeman说，CAP没有为更多不经常进行的测试提供PT计划，如表观基因组学或全外显子组测序检测组合，而拥有小众应用测试的实验室也可能没有PT调查。

根据目前的规定，如果有商业化的PT产品，NGS实验室可以用它来满足CLIA的要求，但他们也可以通过其他方法来证明分析的准确性，例如，通过盲法和测试内部可用的分割样本，或与其他进行类似测试的实验室交换样本。

然而，CLIAC的NGS工作组在2019年的一份报告中承认，商业PT项目，甚至替代方法，如样本分割，可能没有测试市场上NGS测试的极限。该工作组包括在商业、学术和公共卫生实验室工作的成员，在报告中承认，“商业PT项目有点太容易了，应该鼓励更前卫一点。”

工作组写道：“每个实验室和实验室主任都害怕PT失败，这意味着实验室想挑选容易的病例进行PT，没有经济上的动力去尝试看更有挑战性的病例。事实上，存在经济上的抑制因素，以及对PT失败的恐惧。”

Eggington说：“这基本上是行业承认，‘是的，我们选择最容易的案件’。”

Lindeman对这一批评提出异议，他说，在CAP的PT项目中，实验室被测试的能力是检测一系列的变体，包括罕见的和常见的。

西雅图华盛顿大学实验室医学和病理学副教授、CAP分子肿瘤学委员会成员Tina Lockwood补充说，CMS负责根据CLIA监管30多万家实验室，因此，PT的目的是确保广泛参与。

“实验室需要具备的是反映实践范围的挑战，而不是只具备进行罕见边缘病例检测的能力。你需要知道实验室实际上也在做那些更经常出现的事情，这其实是一种平衡。"

Lockwood断言，PT项目正在与NGS在医疗领域的应用同步扩展。CAP在分子肿瘤学领域非常活跃，并且正在成长、开发和增加更多的PT产品，以跟上肿瘤学发展的速度。

此外，为了响应CLIAC的建议，美国疾病控制和预防中心（CDC）的遗传测试参考材料协调计划（GeT-RM）正在开展一个试点项目，以显示在开发和验证NGS测试中使用硅基参考材料来补充DNA样本的可行性。

参与该项目的实验室将对一个公开的瓶装DNA样本进行基因组测序，并生成一个序列文件。在该文件中，GeT-RM将添加与心肌病和遗传性癌症风险有关的临床相关变体，这些变体来自与ClinGen的专家合作开发的策划变体列表，ClinGen是美国国立卫生研究院资助的一项定义精准医疗中使用的基因变体的工作。

然后，诱变文件将被送回原实验室，使用其生物信息学管道进行分析。

GeT-RM项目主任Lisa Kalman说，在NGS测试开发和验证中建立人工设计参考材料的效用很重要，“因为对于涵盖许多基因的测试来说，不可能找到具有许多重要变体的DNA样本，而且在测定开发和验证期间运行大量DNA样本的成本很高。”

分歧

GeT-RM试点项目的结构与CGI基于人工设计的质量评估项目（详见第一部分）并无不同，只是GeT-RM侧重于分析有效性，而CGI也在评估临床有效性。考虑到该领域在设计衡量实验室检测变体的PT框架时并不一致，CGI推动使用人工设计方法来考虑NGS测试的变体解释质量似乎特别有雄心。

例如，当咨询公司Tapestry Networks召集的一个专家工作组使用基于人工设计的方法来比较NGS LDTs与Illumina的Praxis Extended Panel的性能时，结果在实验室界引起了很大分歧。

由资深作者、圣路易斯华盛顿大学医学院病理学和免疫学教授John Pfeifer领导的研究人员使用由他的公司P&V Licensing LLC（CGI也与之合作）创建的诱变变体文件，以及设计好的湿样本，来评估实验室检测Praxis测试中包含的56种KRAS和NRAS变体的能力。

该测试已经被FDA批准，用于确定安进公司的抗EGFR药物Vectibix（帕尼单抗）的转移性结直肠癌患者的资格，其公布的检测限（LOD）为5%的变体等位基因频率（VAF）。

在这次试点的19个实验室中，只有10个实验室检测到了变体，其准确性与Praxis检验相似，作者注意到一些单核苷酸变体和更难检测的多核苷酸变体的假阴性率较高。

Pfeifer和合作者在《American Journal of Clinical Pathology》上总结说：“一些LDTs检测遗传变体的准确性各不相同，可能会确定不同的患者群体进行针对性治疗。”

Highmark公司的Fickie读了这篇论文，认为它“技术上很聪明”。他表示，尽管即使像他这样有临床遗传学背景的人，分析起来也很有难度，但对一些用于治疗选择的市场化LDT的质量来说，“这是一个强有力的指控”。

其他人发现这篇论文更令人反感。最初参与实施试点的CAP公司在看到Pfeifer小组解释数据的方式后取消了参与。

Lindeman表示，这就是一个陷阱，他觉得这个试点为实验室设置了失败，因为当时知道NGS测试的标准性能和缺点。

在挑战发生时，即2018年12月至2019年3月之间，NGS生物信息学管道没有被优化以识别多核苷酸变体，。此外，当Lindeman和其他同事今年早些时候在cBioPortal和美国癌症研究协会的Project Genie中筛选癌症基因组学数据集时，他们没有在12万个癌症病例中发现任何多核苷酸KRAS或NRAS变体。

因此，实验室无法检测到这种变体不太可能影响病人的护理。Lindeman进一步指出，当时许多实验室的NGS测试的LOD是10%的VAF。

同时，Pfeifer及其同事在他们的论文中指出，“参与试验的实验室‘在试点中’自我报告单核苷酸变体的VAF为2%至5%，插入/缺失为3%至10%，作为他们LDT NGS检测的LOD值”。

因此，作者说他们是根据他们声称的LOD来判断实验室的，而不是因为未能检测到低于该阈值的样本中存在的变体。此外，FDA批准的Praxis CDx的包装说明中列出了56个KRAS和NRAS变体，其中11个，或20%，是多核苷酸变体。

这些是Illumina公司声称其测试可以检测的变体，FDA根据提交的证据批准了带有这些声称的测试。然而，Lindeman指出，说明书中只有一个KRAS二核苷酸变体的测试性能数据，该公司在一个样本中进行了测试。其他多核苷酸变体的性能被认为是“无法估计的”，这可能是因为没有样品可以测试。

当Tapestry公司与其指导委员会和其他利益相关者讨论这一试点的意义时，一些人赞同Lindeman的观点，即如果研究中的一些LDT不能检测到这些罕见的、难以检测的变体，也不会对病人护理产生明显的影响。

其他人指出，即使一个变体在人群中极其罕见，实验室能检测到它对百万分之一的病人来说也是很重要的。此外，如果市场上有一种经FDA批准的测试，可以在5%的VAF下测量这些变体，并检测多核苷酸变体，这是市场上未经FDA批准的LDT必须达到的标准，这样肿瘤学家才能得到可靠的结果。

Pfeifer说：“如果没有人要求实验室证明他们能在接近其检测限的VAF下检测不同的变体类别，那么LDT与FDA批准的检测的等效性仍然不确定。”

试点表明，这是选择病人进行适当治疗的一个实际问题，而不仅仅是一个理论问题"。

与Pfeifer领导的试点项目相比，同年Lindeman领导了一项关于NGS癌症分析测试的CAP调查，发现实验室识别存在于VAF为15%或更高的样本中的10个体细胞单核苷酸变体的能力的总体准确性超过了98%。

Pfeifer指出，在CAP的能力测试调查中，更高的VAF、更容易检测的SNV以及对实验室总体表现的强调，说明目前评估LDT的模式可能不能代表常规临床实践中的NGS测试，而且结果的总体呈现可能掩盖了单个LDT的表现。

Lindeman说，CAP PT调查确实考察了实验室的总体表现，但该组织会通知每个实验室需要说明和解决的表现问题。如果一个实验室没有改善，他们可能会失去CAP认证，但Lindeman承认，个别实验室的失败并没有被公布。

变体的真相？

Pfeifer领导的试点结果在该领域存在如此大的分歧，预示着CGI评估NGS LDTs的分析和临床有效性的努力可能会面临更多的阻力。

Pfeifer说，虽然在CAP的PT项目中，基于人工设计的评估被用来评估NGS测试的分析准确性，但实验室认证机构迄今为止“对有关解释的问题避而不谈”。

他指出，Eggington已经认识到，你可以用人工设计变体来询问：这是变体检测的错误还是变体解释的错误？即使实验室最初抵制，他也相信他们会对CGI产生好感，特别是“如果付费方说，‘不，我们不会付钱给你，除非你这样做’。”

但该领域的许多专家强烈认为，CGI基于人工设计的方法可能不是判断实验室解释变体的最佳方式。他们认为，基因检测领域仍处于起步阶段，许多变体的含义会随着知识的积累而改变。

Invitae的Nussbaum说：“我非常尊重Julie，并与她详细谈过她对改善这一问题的热情。但我认为她的方法是简单化的。变体检测是人们可以在PT上做的事情。变体解释是一个更加复杂和具有挑战性的问题。首先，你必须知道真相是什么。”

由于目前大多数基因变体的真相是动态的，Nussbaum认为实验室最好是分享数据，合作建立共识分类。

“我向Highmark建议，只要坚持要求任何向他们寻求报销的实验室将其临床变体调用，以及支持这些调用的证据，以定期的方式，比如每半年一次，就能获得更多的回报。没有ClinVar的提交，你就不能得到报酬。”

“尽管我们努力使变体分类尽可能客观，但还是有主观性。”，Broad研究所临床研究测序平台的医学主任Heidi Rehm同意这一观点，她和Nussbaum是2013年获得NIH最初资助开发ClinVar的团队的成员。近十年来，该数据库已经积累了来自2300个提交者的200多万条解释变体记录。该数据库主要包含生殖系变体，但也包括体细胞变体。

Eggington和Rehm对ClinVar的效用有着非常不同的看法。Rehm认为该数据库是识别和解决变体分类差异的一种方式。

当意识到这种类型的工作是劳动密集型和耗时的，她和其他人提出了一个框架，对于大多数实验室一致的变体，只有离群的实验室必须重新评估其解释。任何仍然存在的不一致的变体将通过进一步的合作得到解决。

ClinVar的姊妹机构ClinGen专注于定义精准医疗中的遗传变体，它公布了一份名单，认可符合某些数据共享标准的实验室，例如，如果他们定期向ClinVar提供变体并提供支持性证据。

一些保险公司已经开始在签订保险合同时将实验室的数据共享做法考虑在内。2016年，Aetna是第一批要求实验室向ClinVar提交其变体解释的保险公司之一，以便成为BRCA1/2测试的网络内供应商。

UnitedHealthcare保险公司的一位发言人说，该商业付费方也会关注实验室是否在NIH的基因测试登记处列出其基因测试的细节，并向ClinVar等数据库提交变体解释。

该发言人说，“提供了测试方法、有效性和实用性的透明度，并增加了整体的遗传学知识和合作。”。

该保险公司还实施了首选实验室网络，要求实验室表明他们得到了认可，他们的遗传测试符合“整体质量和性能要求”。(本系列第一部分发表后，UHC证实它也在与CGI进行测试质量讨论）。

在Eggington看来，保险公司需要超越首选实验室网络计划和ClinVar报告，以真正了解他们所支付的NGS测试是否为患者提供了准确的结果。虽然ClinVar是改善变体解释质量的“近乎完美的愿景”，但她认为它的存在造成了一些意想不到的市场动态。

例如，由于一些保险公司在合同决策中考虑了数据共享的做法，实验室被激励向ClinVar提交数据，但Eggington发现，一些不良行为者只是复制其他实验室的分类，并将其作为自己的分类提交给ClinVar，而不做自己的解释或质量控制。

“这就产生了一种回声室效应，即五个实验室都说某个变体是致病的，而事实上，它是良性的或意义不确定的变体。共识并不意味着某些东西在生物学上或临床上是准确的。共识可能意味着我们已经把对方骂得够惨了，我们终于同意了…，而这给人一种错觉，即这个领域比它更准确。”

例如，当华大基因和中国几所大学的研究人员重新分析173个基因中的217个变体时，这些变体在ClinVar中具有不冲突的致病性或可能致病的分类，他们将40%的变体降级为良性、可能良性或VUS分类。作者说，如果变体的分类较早，等位基因频率较高，而且是通过临床测试以外的方法提交给ClinVar的，那么变体就更有可能被降级。

但作者也承认，他们降级的变体数量可能被夸大了，因为他们依靠公开的变体进行重新解释，而没有考虑到实验室的内部或未公布的证据。

作者写道：“这进一步说明了科学界数据共享的重要性。”

当Rehm把实验室召集在一起，试图解决不一致的变体分类时，差异主要是由于过时的分类，或实验室无法获得另一个实验室未发表的变体数据。但是，一旦实验室看到对方的证据，在大多数情况下，他们会同意什么是正确的。

Rehm说：“一个实验室可以动摇另一个实验室吗？当然。”

但她指出，很少有一个实验室把另一个实验室推向他们的观点的情况，因为他们首先建立了分类。

“我保证数据共享的好处，以及通过专业意见建立共识，远远超过了任何微小的回声室效应。这与其他医疗实践类似，医生们经常征求同事的意见，以建立对治疗病人的共识。”

Nussbaum说，如果ClinVar中存在回声室效应，可以通过要求实验室提交他们的变体解释证据来解决，并补充说，仅提交变体是不够的。

“保险公司不应报销那些不提交他们用来对提交给ClinVar的变体进行分类的证据的实验室，并指出绝大多数实验室目前在基础证据方面并不透明。”

准备好应对阻力

虽然Highmark公司的认证要求遇到了一些阻力，但“没有人向Highmark大楼投掷东西或其他东西”。Fickie说，他愿意把实验室在ClinVar中的变体分类和证据提交作为解释质量的一个标志。

“没有完美的变体解释质量标志，所以ClinVar是一个好的标志。”

在看到第一年对癌症NGS测试的实验室进行认证后，Highmark公司希望将其扩大到更多的实验室和不同种类的测试，如无创产前测试。

同时，CAP将与Highmark跟进其认证要求，并愿意与付费方讨论如何改进PT，Lindeman说：“我们希望我们的PT是最好的，我们没有人坐在那里说它不可能变得更好。如果人们有建议，无论是CGI还是社区里的其他人，通过各种方式，让我们讨论并使它变得更好。”

不过，Rehm认为，如果实验室开始不得不为多家保险公司对“他们从未见过的变体”进行分类，他们肯定会反驳。

“如果事情发展到这一步，我将很乐意与那些对这种方法感到沮丧的实验室接触，并记录为什么提交给ClinVar是一种更有效的方法，可以长期改善基因组学解释。”

通过与保险公司合作，CGI可能会被视为与一个利益相关者保持一致，而这个利益相关者被指责为阻碍了精准医疗的获得。

保险公司认为有医疗需要并愿意支付的东西并不总是与医生认为的循证医学相一致。当保险公司不愿意支付NGS分析或根据测试结果推荐的治疗方法时，遗传咨询师、肿瘤学家和患者经常表示沮丧。

Eggington说：“付费方的名声不好，但是…至少与我们合作的付费方真的想为他们的计划成员提供良好的精准医疗。”

自从Eggington在五年前创办CGI以来，她为提高NGS测试质量所做的努力遇到了很多行业阻力，如果没有对非营利组织与付费方的合作进行反击，她会感到惊讶。

她发现与批评者接触是有价值的，因为这暴露了CGI没有注意道德地方，以及她需要更加努力说服利益相关者的地方。

“我喜欢精准医疗。我喜欢遗传学。”，Eggington说，“我只是希望病人，无论他们在哪里接受测试，都能得到一个准确的答案。”

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