ra基因预测的方法分为哪两类（3种突变可纳入BCG治疗NMIBC的结果预测模型）

导读

非肌层浸润性膀胱癌 (NMIBC) 是一种异质性疾病，占新诊断膀胱癌的75%。经尿道前列腺切除术（TUR）后，高危 NMIBC 患者通常接受卡介苗（BCG）膀胱内灌注治疗。目前尚无BCG长期应答、复发或进展为肌层浸润性膀胱癌（MIBC）的预测因子。近日，一项研究发现，BCG治疗之前关键驱动基因突变与预后的相关性，并首次提供BCG治疗后复发患者体细胞突变谱。

背景和方法

BCG治疗之前的临床病理特征和肿瘤转录组亚型显示侵袭性生物学特征，但尚未被证明可作为 BCG应答的预测指标。一项大型研究证明，NMIBC相关驱动基因突变，包括 TERT启动子突变、染色质修饰基因突变（例如，KDM6A）、原癌基因突变（例如FGFR3和 ERBB2）、ARID1A突变和 CCNE1扩增与 BCG 治疗后疾病复发相关，而高肿瘤突变负荷 (TMB) 和 ERCC2 突变与预后较好相关。

同一患者的异时性膀胱癌显示出不同的基因组突变谱。提示，手术或治疗干预会导致肿瘤克隆发生变化，但尚不清楚BCG 治疗后的特定基因组突变。为开发基因突变指导的生物标志物策略，我们必须了解临床相关基因例如FGFR3、ERBB2 和 ERCC2随治疗时间的变异性。

本研究中，研究者对未经BCG治疗的NMIBC 和治疗后复发的患者进行了深度靶向测序。

研究者收集开始 BCG 单药治疗时的90 例患者的肿瘤组织，34例BCG初治后NMIBC 患者的肿瘤组织。所有肿瘤组织和配对正常组织都进行了肿瘤靶向测序。

主要结果

高水平TMB与BCG应答相关

表1 患者基线特征

收集BCG治疗之前90例患者肿瘤组织和BCG之后复发或疾病进展的34例患者的肿瘤组织（表1）。对124个肿瘤样本进行靶向测序（图1）。

图1 214例样本进行测序分析

BCG之前中位TMB为8.64mut/Mb，7例患者基线时具有异常高的TMB值，并且在最后一次随访时均无复发（7/52应答者vs 0/38出现复发，P=0.02）(图 2)。结果与既往研究报道一致，即体细胞超突变与BCG应答有相关性。

图2 BCG应答、复发、进展组中每个BCG治疗前样本的TMB水平条形图

BCG治疗之前的基因突变：ARID1A截断突变、CCNE1扩增与预后不良相关BCG治疗前的驱动基因突变与既往报告中高级别NMIBC一致。FGFR3 激活热点突变见于30%肿瘤，并且与 ERBB2 热点突变（11%）和扩增（21%）不同时出现（P＜0.001）。ERBB3、PI3K家族成员（例如PIK3CA基因热点突变和TSC1截断突变）相关基因突变也经常出现。

研究者检测了前20常出现的驱动基因突变与疾病进展的相关性。既往研究显示，ARID1A截断突变与预后较差相关，本研究显示，其与复发时间短相关（图 3）。CCNE1扩增也与预后不良相关（图 4），尤其与进展为MIBC相关（进展 HR=5.44，P=0.002）。并且这些预后关系独立存在。

图3 ARID1A截断突变与无复发生存相关性

图4 CCNE1扩增与无复发生存相关性

ERCC2 解旋酶结构域突变很常见 (20%)，但与复发风险无关（HR=0.52，P=0.17)，即使ERCC2 缺陷肿瘤的 TMB水平更高（23.81 vs 7.73；P< 0.0001)。

BCG治疗后相关突变谱的改变

总体上，关键驱动基因在BCG治疗前和治疗后均存在，研究发现有临床意义相关基因有一定变化。TERT启动子和染色质修饰基因例如KDM6A突变和ARID1A突变在两个时间点高度保守（KDM6A: 100% [9/9], TERT: 93% [25/27], ARID1A: 85% [11/13]）。

相反，被认为在肿瘤发生后期出现的突变（例如，FGFR3、PIK3CA和TP53突变）在本研究中显示出了最大的时间变异性。例如，有2例（共6例）患者存在激活 PIK3CA 螺旋结构域突变，有3例（共5例）患者存在有害TSC1突变，这两个突变出现在基线时，但BCG治疗复发后却消失不在。

TP53突变与侵袭性癌症相关。在 BCG 治疗前检测到 TP53 突变的16例复发患者中，均保留了TP53 突变状态。另外，研究发现3例患者经BCG治疗后，出现新型体细胞TP53突变，2例患者进展为继发性 MIBC，第3例患者复发时从 pTa 升期至 pT1。

结论

体细胞超突变、CCNE1和ARID1A突变应纳入BCG治疗NMIBC的结果预测模型。随着时间的推移，当考虑靶向治疗时，肿瘤基因组学的变化突出了活检的重要性，并提示，经BCG治疗后的复发是由于先前肿瘤细胞持续、不断地发展。

参考文献

Jack V.W. Bacon, D.C. Müller, E. Ritch et al., Somatic Features of Response and Relapse in Non–muscle-invasive Bladder Cancer Treated with Bacillus Calmette-Guérin Immunotherapy, Eur Urol Oncol (2021), https://doi.org/10.1016/j.euo.2021.11.002

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