总蛋白计算方法(蛋白数据知多少)

UniProt(全称Universal Protein),它整合了三大数据(Swiss-Prot、 TrEMBL 和 PIR-PSD )的数据。是目前信息最丰富、资源最广的免费蛋白质数据库。

首先看一下主页,大致分为5个部分, 1、UniProtKB;2、UniRef;3、UNIParc;4、Proteomics;5、Supporting data。

总蛋白计算方法(蛋白数据知多少)(1)

UniProtKB(Universal Protein Knowledge base)它是经过专家校验的数据集

以小鼠基因BCL2为例,简单介绍一下数据库功能。

总蛋白计算方法(蛋白数据知多少)(2)

点击search后,进入数据库,左侧是基因蛋白数据相关信息,包括功能、亚细胞定位、参与通路、组织表达、互作蛋白、结构与功能域等等。

总蛋白计算方法(蛋白数据知多少)(3)

蛋白在细胞内定位

总蛋白计算方法(蛋白数据知多少)(4)

蛋白参与的生物学过程,同时数据库提供了氨基酸修饰位点以及参与的转录后修饰过程。

总蛋白计算方法(蛋白数据知多少)(5)

蛋白的三级结构以及内含的模体结构与位置以及包含的功能域。

总蛋白计算方法(蛋白数据知多少)(6)

UniProtKB(Universal Protein Knowledge base)它是经过专家校验的数据集

以小鼠基因BCL2为例,简单介绍一下数据库功能。

总蛋白计算方法(蛋白数据知多少)(7)

二.主页上方有五个选项,分别是BLAST、Align、Download、Add to basket、History.

总蛋白计算方法(蛋白数据知多少)(8)

1.BLAST: 这个按钮可以让你用感兴趣的蛋白质序列做BLAST分析,输入基因序列

搜索哪些蛋白质的氨基酸序列与你感兴趣的蛋白质相同或相似,预测这个蛋白具有哪些生物系功能以及蛋白的空间结构。

2.Align:以让你对多个蛋白质的序列之间进行相似性比对,方便找到蛋白之间的结构保守区域,根据蛋白质的相似性,分析蛋白间的亲缘关系,进化的先后顺序等。

3.Download:下载蛋白的序列数据,支持FASTA,Text,Excel,XML,List等。

4. Add to basket:将感兴趣的蛋白质加入以备后期使用。

5. History:查询历史。

总蛋白计算方法(蛋白数据知多少)(9)

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