python的三维画图(python处理DICOM并计算三维模型体积)
类别:脚本大全 浏览量:630
时间:2022-01-20 00:04:06 python的三维画图
python处理DICOM并计算三维模型体积在已知DICOM和三维模型对应掩膜的情况下,计算三维模型的体积。
思路:
1、计算每个体素的体积。每个体素为长方体,x,y为PixelSpacing,z为层间距
使用pydicom.read_file读取DICOM文件,dcm_tag.PixelSpacing获取像素间距,dcm_tag.SliceLocation 获取层间距
2、计算体素的个数
代码如下:
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from PIL import Image import numpy as np import pydicom import os def get_pixels_No(bmp_data_dir): pixels_No = 0 bmp_files = os.listdir(bmp_data_dir) for bmp in bmp_files: bmp_file = os.path.join(bmp_data_dir,bmp) img = Image. open (bmp_file) img_array = np.array(img) # img_array.dtype为布尔类型,需要转换为Int类型,其累加和恰好为体素总和 img_array_int = img_array.astype( int ) pixels_No = pixels_No + img_array_int. sum () return pixels_No def get_pixel_info(dcm_data_dir): pixel_infos = [] dcm_files = os.listdir(dcm_data_dir) dcm_file_1 = os.path.join(dcm_data_dir,dcm_files[ 0 ]) dcm_tag_1 = pydicom.read_file(dcm_file_1) # 获取像素间距. spacex, spacey = dcm_tag_1.PixelSpacing # 获取层间距 # 有些 dcm图像并不是按照InstanceNumber进行排序的,不能直接用最后一张的slicelocation减去第一张,再除以张数 SliceLocations = [] ImagePositon_z = [] for dcm in dcm_files: dcm_file = os.path.join(dcm_data_dir, dcm) dcm_tag = pydicom.read_file(dcm_file) SliceLocations.append(dcm_tag.SliceLocation) ImagePositon_z.append(dcm_tag.ImagePositionPatient[ 2 ]) SliceLocations_max = max (SliceLocations) SliceLocations_min = min (SliceLocations) ImagePositon_z_max = max (ImagePositon_z) ImagePositon_z_min = min (ImagePositon_z) print (SliceLocations_max) print (SliceLocations_min) print (ImagePositon_z_max) print (ImagePositon_z_min) if SliceLocations_max - SliceLocations_min < 1e - 10 : spacez = abs (ImagePositon_z_max - ImagePositon_z_min) / ( len (dcm_files) - 1 ) else : spacez = abs (SliceLocations_max - SliceLocations_min) / ( len (dcm_files) - 1 ) pixel_infos = [spacex, spacey, spacez] return pixel_infos def get_volume(dcm_data_dir,bmp_data_dir): pixel_infos = get_pixel_info(dcm_data_dir) pixels_No = get_pixels_No(bmp_data_dir) volume = pixel_infos[ 0 ] * pixel_infos[ 1 ] * pixel_infos[ 2 ] * pixels_No / 1000 return volume # dcm = pydicom.read_file(r"E:\20181210090945_LENG HONGYING F-44Y\Venous\0000.dcm") # print(dcm) # print(dcm.ImagePositionPatient[2]) # print(dcm[0x0020, 0x0032].keyword,dcm[0x0020, 0x0032].value) volume = get_volume(r "E:\20181210090945_LENG HONGYING F-44Y\Venous" ,r "E:\20181210090945_LENG HONGYING F-44Y\Results\LungL" ) print ( "体积为%.1f" % volume) |
以上就是本文的全部内容,希望对大家的学习有所帮助,也希望大家多多支持开心学习网。
原文链接:https://blog.csdn.net/yaoliuwei1426/article/details/85680152
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