蛋白组学流程和核心技术及原理（干货蛋白质组学相关绘图）

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蛋白质组学绘图，全套打包带走

蛋白质组学（proteomics）是以蛋白质组为研究对象，研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。

蛋白质是一切生命的物质基础，蛋白质组学可对细胞或组织内成千上万的蛋白质同时进行研究，为生命活动规律提供理论和物质基础。

今天给大家分享我在文献中学习到的蛋白质组学数据呈现小经验。

1

火山图

1. Origin绘制火山图

火山图（Volcanoplot）经常出现在芯片、测序等组学结果中用来展示差异表达的基因或蛋白的一种图片类型，常与热图、韦恩图（Venndiagram）等同时出现。

火山图包含2个重要概念：显著性与差异表达倍数。显著性一般设置p<0.05，差异表达一般我们按照FoldChange(倍数变化)≥1.2或2倍作为标准。

我们已经在解螺旋给大家分享过使用Origin2018绘制火山图，可在点击这里查看。

https://www.originlab.com/fileExchange/details.aspx?fid=296。

下载Volcanoplot即可很便捷的绘制火山图。

2. Graphpad Prism 8.0 绘制火山图

Graphpad Prism 8.0中，Existingfile下的Graph portfolio可见Volcano plot：

可见详细的绘图教程：

2

韦恩图

韦恩图也常用于蛋白质组学的呈现，例如两种不同处理共有的差异表达蛋白质。

Origin软件可便捷的绘制韦恩图，APPstore处下载APP，下载链接为：https://www.originlab.com/fileExchange/details.aspx?fid=425。

3

热图（Heatmap）

1. Graphpad Prism 8.0绘制热图

众所周知Graphpad Prism 8.0可绘制热图，在此就不过多介绍。

2. Origin绘制热图

Origin软件也可以绘制热图，Origin Central（快捷键F11）可找到热图绘图示例教程:

进入示例后点击Tutorial即可查阅教程：

3. Heatmap Illustrator绘制热图

目前Heatmap Illustrator版本1.0.1，可适用于多种操作平台：

Heatmap Illustrator官网有详细教程（http://hemi.biocuckoo.org/faq.php）：

4. R语言绘制热图

最后R也可以绘制热图：

5. Excel绘制热图

Excel绘制“条件格式”--“色阶”--“其他规则”也可绘制热图：

扩展：

Excel绘制气泡图能否导出高分辨率图片？

Excel可以导出高分辨率图片。XL_Toolbox_6.60插件可以帮助我们在Excel表格里面导出高清图片。下图是用Excel作好的多数据散点图，我将使用XL_Toolbox_6.60工具的Export给你导出高分辨的图片。

首先必须安装XL_Toolbox_6.60工具，安装后在Excel表格中就可以看见该插件。

选择图片后点击Export，选择最后一项Export for publication

弹出以下窗口，选择导出格式，导出分辨率，图片的长和宽以及图片模式即可。

4

Top10差异表达蛋白质的呈现

Excel呈现Top10差异表达蛋白质：

在Excel中输入数据：

调整字体为Times New Roman字体：

选择Fold change列数据，选择“条件格式”--“色阶”--“其他规则”，设置颜色：

选中

，点击合并后居中：

设置单元格格式，设置边框后使用XL_Toolbox_6.60插件导出需要分辨率的图片即可。

类似的方法还可以用来绘制Pathway对比图：

5

Cytoscape绘制网络连接图

STRING: functional protein association networks是蛋白质组学网络分析网站，首先需要将差异表达蛋白质输入STRING11.0（https://string-db.org/）：

得到可以形成网络连接的蛋白质网络图：

导出数据：

打开Cytoscape软件，导入下载好的数据：

导入完成后得到了下图：

Edges的粗细由combined_score渐变调整，选择Tool里的Network Analysis工具中的Generate Style from Statistics：

得到的效果如下：

对Nodes（节点）的颜色：

如何设置Nodes的大小呢？

将STRING下载好的数据导入Excel表格：

将Nodes1和Nodes2复制到一列中，然后利用=COUNTIF(A:A,A2)的公式进行计算其出现频数：

删除第一列中的重复值，方法为Excel表格中数据下的重复值删除：

添加一列与Nodes1相同的加一列Nodes2：

根据蛋白质组学添加上下调关系（1代表上调，2代表下调）：

将上述表格保存为Txt文件，File，import导入Cytoscape软件。

FillColor，颜色由Column，Regulation决定，上调设置为红色，下调设置为绿色：

由fff决定Nodes大小，导出图片即可：

6

饼图

Graphpad Prism 8.0可绘制二维饼图：

Origin可以绘制三维饼图，可点击Tutorial查阅详细教程：

今天给大家分享了蛋白质组学数据呈现小经验，希望对大家有所帮助。

P.S. 这是GraphPad Prism 8的第10篇教程，此系列从实际应用出发，能解决大量科研所图问题，因而广受好评。除了Prism之外，解螺旋接下来还会更新实验相关的ImageJ系列，以及生信相关的StarBase系列，敬请关注。

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—END—

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